案件申请再审和协商还款可以同时进行，但需注意法律程序与协商策略的协调性。具体分析如下：

1. 法律程序层面
   再审申请是当事人对已生效判决不服，向法院提出重新审理的法定程序，其核心是审查原判决是否存在法定再审事由（如证据伪造、法律适用错误等）。再审期间，原判决原则上不停止执行，但当事人可申请中止执行（需符合《民事诉讼法》第213条规定的情形，如提供担保或证明执行可能造成难以弥补的损害）。
   协商还款与再审申请互不排斥：协商还款属于当事人自主处分民事权利的行为，不依赖再审程序结果，也不影响再审法院对案件的审查。即使再审申请被受理，双方仍可就还款金额、期限等达成和解。

2. 实务操作层面

   • 协商还款的灵活性：若债务人希望通过协商减轻还款压力（如延长期限、减免利息），可主动与债权人沟通，并可将协商结果作为再审中的新证据（如证明原判决金额与实际债务不符）。
     
   • 再审结果对协商的影响：若再审改判减少债务金额，已履行的协商还款可能涉及超额部分返还；若再审维持原判，协商还款方案仍需按约定履行。
     
   • 风险防范：协商时建议签订书面协议，明确“若再审结果影响债务金额，双方按最终判决调整还款义务”，避免后续纠纷。

3. 策略建议

   • 同步推进的合理性：若债务人认为原判决存在错误，同时希望尽快解决债务问题，可同时申请再审并启动协商。协商成功可撤回再审申请，降低诉讼成本。
     
   • 注意时效限制：再审申请需在判决生效后6个月内提出（特殊情形可延长），协商过程中需预留足够时间准备再审材料，避免因超期丧失救济权利。

总结：两者并行不违反法律规定，但需根据案件具体情况权衡利弊。如有复杂情形（如涉及多人债务、担保责任等），建议进一步梳理证据后制定综合方案。