针对您提出的“注册证书变更注册时，原单位离职证明盖的是分公司的章怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，离职证明是证明您与原单位劳动关系已经解除的重要文件，在注册证书变更注册的过程中，通常需要提供这份文件以证明您的职业状态。关于离职证明上盖章的问题，一般来说，离职证明应当由原单位（即总公司或具有独立法人资格的单位）出具并盖章，以确保其法律效力和权威性。
然而，在实际操作中，如果原单位授权分公司出具离职证明，并且分公司确实在授权范围内行事，那么分公司盖章的离职证明在法律上也是有效的。但这种情况需要满足一定的条件，比如分公司必须得到总公司的明确授权，且离职证明的内容必须真实、准确、完整。
针对您目前的情况，如果离职证明上盖的是分公司的章，我建议您采取以下步骤：
核实授权情况：首先，您需要确认分公司是否得到了总公司的明确授权来出具离职证明。这通常可以通过查看总公司的相关规章制度、授权文件或直接与总公司的人力资源部门进行沟通来确认。
确认证明内容：确保离职证明上的内容真实、准确、完整，包括您的个人信息、离职原因、离职时间等关键信息。如果证明内容有任何疑问或不明确的地方，建议您及时与分公司或总公司进行沟通并更正。
咨询相关部门：在提交注册证书变更注册申请时，您可以先咨询相关部门（如注册管理机构或行业协会）是否接受分公司盖章的离职证明。如果相关部门有明确要求必须由总公司盖章，那么您可能需要向总公司申请重新出具离职证明。
准备补充材料：如果相关部门对分公司盖章的离职证明没有明确要求，但为了确保申请的顺利进行，您可以考虑准备一些补充材料来证明您的离职情况，比如与分公司的劳动合同、工资单、社保缴纳记录等。
保持沟通：在整个申请过程中，保持与相关部门和原单位的沟通是非常重要的。如果遇到任何问题或疑问，及时与他们进行沟通并寻求解决方案。
综上所述，虽然离职证明上盖的是分公司的章可能会带来一些额外的步骤和考虑，但只要您按照上述步骤进行操作，并确保所有文件的真实性和准确性，您应该能够顺利完成注册证书的变更注册。希望这些建议能对您有所帮助。