结论：合同中写了价税分离但对方只要普票，是否会有问题，需结合合同具体条款、双方约定及实际履行情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性与履行

• 若合同明确约定价税分离且需开具专票：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，增值税专用发票（专票）是纳税人销售货物、提供应税劳务或发生应税行为时开具的法定凭证，具有抵扣税款的功能。若合同明确约定需开具专票，而对方仅要求普通发票（普票），则可能构成违约。此时，您有权要求对方按合同约定履行，或协商变更合同条款。
• 若合同未明确发票类型：若合同仅约定价税分离，但未明确发票类型（专票或普票），则对方要求普票可能不构成违约。此时，双方可协商解决，或根据交易习惯、行业惯例确定发票类型。

2. 税务合规性

• 普票与专票的税务差异：普票仅作为记账凭证，不能用于抵扣税款；专票则可用于抵扣进项税额。若对方为一般纳税人且需抵扣税款，仅接受普票可能导致其税务成本增加，进而可能引发纠纷。
• 税务风险：若您未按合同约定或对方要求开具发票，可能面临税务机关的处罚，如罚款、滞纳金等。因此，建议您在开具发票前与对方明确发票类型，并确保符合税务规定。

3. 实际履行中的协商与变更

• 协商变更合同：若对方因特殊原因（如非一般纳税人、无需抵扣税款等）仅要求普票，您可与对方协商变更合同条款，明确发票类型及税务处理方式。
• 补充协议：为避免后续纠纷，双方可签订补充协议，明确发票类型、开具时间、税务责任等事项。

4. 法律后果与风险防范

• 违约责任：若对方坚持要求普票且您未按合同约定履行，可能构成违约，需承担违约责任（如赔偿损失、支付违约金等）。
• 风险防范建议：
  1. 在签订合同时，明确约定发票类型、开具时间、税务责任等事项；
  2. 在履行合同过程中，与对方保持沟通，及时确认发票需求；
  3. 若发生纠纷，及时收集证据（如合同、沟通记录、发票等），并咨询专业律师处理。

总结：合同中写了价税分离但对方只要普票，是否会有问题需结合合同条款、双方约定及实际履行情况判断。建议您在签订合同时明确发票类型等关键条款，并在履行过程中与对方保持沟通，以避免纠纷。如有具体法律问题，可直接向我咨询。