结论前置：合同约定开具普通发票（普票）但对方实际开具了增值税专用发票（专票），一般情况下不会产生直接的负面影响，但需结合具体业务场景和税务合规要求综合判断。以下是具体分析：

1. 税务合规性角度
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，专票的开具需满足“销售方为增值税一般纳税人、购买方为增值税一般纳税人或符合条件的小规模纳税人、业务真实发生”等条件。若双方均符合专票开具资格，且业务真实，对方开具专票不违反税法规定，反而可能为贵方提供进项税额抵扣的便利（若贵方为一般纳税人）。但需注意：

   • 若贵方为小规模纳税人或选择简易计税方法的一般纳税人，专票无法用于抵扣，可能造成“票货不符”的税务风险（如税务机关质疑业务真实性）；
     
   • 若合同明确约定“仅接受普票”，对方擅自开具专票可能构成违约，但违约责任需结合合同条款判断（如是否约定违约金、赔偿范围等）。

2. 合同履行角度
   合同是双方权利义务的依据，若条款明确约定“开具普票”，对方实际开具专票可能构成轻微违约，但通常不影响合同主要目的（如货物交付、服务提供）的实现。此时：

   • 若贵方接受专票且无税务风险，可视为对方以更高标准履行合同，无需追究责任；
     
   • 若贵方因专票产生额外成本（如需退票重开、解释税务问题等），可依据《民法典》第577条要求对方承担违约责任（如赔偿损失、重新开具普票等）。

3. 实务建议

   • 沟通确认：首先与对方沟通，明确其开具专票的原因（如误开、税务筹划等），并要求其按合同约定重新开具普票（若需）；
     
   • 税务申报：若贵方为一般纳税人且接受专票，可正常抵扣进项税额，但需确保业务真实、三流一致（资金流、货物流、发票流）；
     
   • 合同补充：若未来合作中需频繁接受专票，可协商修改合同条款，明确“可接受专票”或“专票与普票的适用场景”，避免争议。

总结：对方开具专票本身不必然导致法律风险，但需结合税务身份、合同约定及业务实际综合判断。若您对具体操作（如退票、税务申报、合同修改）有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的业务场景提供详细方案。