在处理公司设立纠纷中返还出资款的问题时，选择列公司还是股东为被告，需根据具体纠纷的性质和请求权基础来决定。以下是从不同角度进行的分析：
一、以公司为被告的情形
请求公司返还抽逃的出资：
- 若股东已将出资款转入公司账户，但随后公司或相关人员（如董事、高级管理人员）将资金抽逃，导致股东出资未实际用于公司经营，此时股东可以公司为被告，要求公司返还抽逃的出资本息。依据《新公司法》第五十三条第二款，公司请求抽逃出资的股东向公司返还出资本息，同理，股东在特定情况下（如公司拒绝返还或无法联系到抽逃出资的股东时），也可直接以公司为被告提起诉讼。
公司设立协议违约：
- 如果公司设立协议中明确规定了出资款的返还条件或方式，而公司未按照协议履行，股东可以公司为被告，要求公司按照协议约定返还出资款。这通常涉及到合同法的相关规定。
二、以股东为被告的情形
股东未履行或未全面履行出资义务：
- 若股东在公司设立时未按照约定履行出资义务，或未全面履行出资义务（如部分出资、虚假出资等），公司或其他股东可以该股东为被告，要求其依法全面履行出资义务，并赔偿因此给公司造成的损失。依据《新公司法》第四十九条第三款，公司请求未履行或未全面履行出资义务的股东依法全面履行出资义务，并就给公司造成的损失承担赔偿责任。同理，其他股东在特定情况下也可直接以未履行出资义务的股东为被告提起诉讼。
股东抽逃出资：
- 除了公司可以请求抽逃出资的股东返还出资本息外，如果抽逃出资的行为直接损害了其他股东的利益，其他股东也可以抽逃出资的股东为被告，要求其返还出资本息并赔偿损失。
股权转让中的出资义务：
- 在股权转让过程中，如果转让人未履行或未全面履行出资义务，而受让人知道或应当知道这一情况，受让人可能与转让人承担连带责任。此时，公司或其他股东可以转让人和受让人为共同被告，要求其承担出资义务或赔偿责任。依据《新公司法》第八十八条，公司请求未届期股权转让人或已届期瑕疵股权的受让人承担责任。
三、综合建议
- 明确纠纷性质：首先，需要明确纠纷是涉及公司设立协议的履行、股东出资义务的履行，还是股权转让中的出资问题。
- 分析请求权基础：根据纠纷性质，分析是以公司为被告还是以股东为被告更有利于维护自身权益。
- 考虑诉讼效率：在选择被告时，还需要考虑诉讼效率，包括被告的偿付能力、诉讼成本等因素。
- 咨询专业律师：由于公司设立纠纷涉及的法律关系复杂，建议在提起诉讼前咨询专业律师，以便更准确地把握诉讼策略和请求权基础。
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