在总公司将其房屋出租给分公司，并因租金问题产生纠纷而起诉时，起诉的主体通常是总公司。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律关系分析
出租方与承租方：
- 在此情境下，总公司作为房屋的所有者或合法使用权人，将房屋出租给分公司使用，双方形成了租赁合同关系。
- 总公司是出租方，分公司是承租方。
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的合同当事人之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。
- 因此，在租金纠纷中，总公司作为出租方，有权基于租赁合同向分公司（承租方）主张租金，并在必要时提起诉讼。
二、起诉主体的确定
总公司作为原告：
- 当分公司未按照租赁合同约定支付租金时，总公司有权作为原告，以分公司的名义（或同时列明分公司及其上级总公司作为被告，但实践中通常直接以分公司为被告，因其具有相对独立的民事责任能力）向法院提起诉讼，要求分公司支付租金及可能产生的违约金、利息等。
- 但在实际操作中，由于分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，在诉讼程序中，分公司可以作为独立的诉讼主体参与诉讼，尤其是在其拥有一定的财产和独立核算的情况下。但为简化程序，总公司可直接作为原告起诉分公司要求支付租金。
特殊情况下的考虑：
- 如果租赁合同是由总公司与分公司以外的其他主体签订，而分公司只是实际使用房屋的一方，那么起诉的主体将是与合同签订方相对应的主体。但这种情况在您的问题描述中并未提及，因此不作为主要讨论点。
- 另外，如果分公司已经注销或不具备诉讼主体资格，那么总公司可能需要直接以自身名义起诉相关责任方（如分公司的上级管理机构或实际控制人等），但这同样不属于您问题中的常规情况。
三、法律建议
审查租赁合同：
- 总公司在起诉前应仔细审查租赁合同，确保合同内容明确、合法，并包含租金支付、违约责任等关键条款。
收集证据：
- 总公司应收集与租金支付相关的所有证据，如租赁合同、租金支付记录、催款通知等，以支持其诉讼请求。
考虑诉讼策略：
- 根据分公司的财务状况和诉讼风险，总公司可以考虑是否同时申请财产保全等措施，以确保判决后能够顺利执行。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类纠纷时，总公司可以寻求专业律师的帮助，以确保诉讼程序的顺利进行和诉讼结果的合理性。当然，您也可以直接向我咨询相关法律问题。
综上所述，在总公司将其房屋出租给分公司并因租金问题产生纠纷时，起诉的主体通常是总公司。总公司应依据租赁合同和相关法律规定，积极维护自身合法权益。