工伤事故中，即使肇事车主已经进行了赔偿，公司仍可能需要承担相应的赔偿责任。这主要基于以下几个方面的法律考量：

一、工伤保险与侵权赔偿的不同法律关系

工伤保险具有社会保障性质，旨在保障职工在遭受工伤后能够及时获得救治和经济补偿。而侵权赔偿则是基于侵权行为责任人的过错，对受害者进行的赔偿。这两种赔偿属于不同的法律关系，因此，即使肇事车主已经进行了赔偿，职工仍有权要求公司支付其应承担的工伤保险待遇部分，如停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。

二、公司赔偿的补足责任

若肇事车主的赔偿金额无法完全填补职工因工伤导致的全部损失，公司需要在工伤保险责任范围内补足差额。例如，职工因工伤导致残疾，后续可能还需长期康复治疗，而肇事车主的赔偿金额不足以满足全部需求时，公司就有义务进行补足。

三、公司赔偿的具体项目

在工伤事故中，公司可能需要承担的赔偿项目包括但不限于：

1. 停工留薪期工资：在停工留薪期内，职工的原工资福利待遇不变，由公司按月支付。
2. 一次性伤残补助金：根据职工的伤残等级，公司需要支付相应月数工资的一次性伤残补助金。
3. 伤残津贴：对于评定为伤残等级的职工，公司需要按月支付伤残津贴。
4. 其他工伤保险待遇：如职工需要安装配置伤残辅助器具、进行康复治疗等，公司也需要承担相应的费用。

四、特殊情况下的公司赔偿

1. 公司未缴纳工伤保险：如果公司未依法为职工缴纳工伤保险，那么职工发生工伤后，所有的工伤赔偿责任都将由公司承担。
2. 肇事车主赔偿不足：如前所述，如果肇事车主的赔偿金额不足以弥补职工的全部损失，公司需要在工伤保险责任范围内进行补足。

五、建议与措施

1. 及时申请工伤认定：职工在发生工伤后，应及时向公司提出工伤认定申请，并按照要求提供相关材料。
2. 与公司协商赔偿：在获得肇事车主的赔偿后，职工可以与公司协商剩余的赔偿事宜，确保自己的权益得到充分保障。
3. 寻求法律援助：如果与公司协商无果，职工可以寻求法律援助或咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设某职工在上班途中发生交通事故，被认定为工伤。肇事车主已经赔偿了部分医疗费用，但职工因工伤导致残疾，需要长期康复治疗。此时，职工仍有权要求公司支付停工留薪期工资、一次性伤残补助金等工伤保险待遇。如果公司未依法为职工缴纳工伤保险，那么所有的工伤赔偿责任都将由公司承担。

综上所述，工伤事故中，即使肇事车主已经进行了赔偿，公司仍可能需要承担相应的赔偿责任。职工应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。