结论：在档案丢失且法院因证据不足驳回诉求的情况下，是否继续仲裁需结合具体情况判断。若您认为仲裁可能更有利于收集证据或解决纠纷，可以选择继续仲裁；若已无新证据或仲裁意义不大，则可考虑其他途径。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁与诉讼的关系及选择依据
仲裁与诉讼的独立性：
- 仲裁和诉讼是两种独立的纠纷解决方式。法院驳回诉讼并不意味着仲裁也必然无果。仲裁机构在审理案件时，会依据仲裁规则和证据规则进行独立判断。
- 若您认为在仲裁过程中能够提供更充分的证据或利用仲裁规则更有利于解决纠纷，可以选择继续仲裁。
证据收集与补充：
- 在仲裁过程中，您仍有机会收集并提交新的证据。如果档案丢失导致法院证据不足，但在仲裁过程中您能够找到其他相关证据（如证人证言、电子邮件、工作记录等），则仲裁可能是一个更好的选择。
- 仲裁机构在审理案件时，可能更注重实际事实和证据的充分性，而非严格遵循诉讼程序中的证据规则。
二、继续仲裁的考量因素
仲裁成本与效益：
- 继续仲裁需要投入时间、精力和金钱。在决定是否继续仲裁前，您应评估仲裁的成本与可能获得的效益。
- 如果仲裁成本过高，而预期效益有限，则可能需要考虑其他纠纷解决方式。
仲裁协议与管辖权：
- 如果您与对方之间存在有效的仲裁协议，且仲裁机构对案件具有管辖权，则可以继续仲裁。
- 如果没有仲裁协议或仲裁机构无管辖权，则可能需要通过诉讼或其他方式解决纠纷。
三、不继续仲裁的替代方案
重新收集证据并再次诉讼：
- 如果您认为在诉讼过程中能够收集到更充分的证据，且法院驳回的原因仅是证据不足，而非实体问题，可以考虑重新收集证据并再次提起诉讼。
- 但需注意，再次诉讼可能面临时间成本、经济成本以及诉讼风险等问题。
协商与调解：
- 在仲裁或诉讼之外，您还可以考虑与对方进行协商或调解。通过友好沟通，双方可能达成和解协议，从而避免进一步的法律纠纷。
- 协商与调解具有灵活性和高效性，能够更快地解决纠纷并减少双方的经济损失。
四、建议与行动指南
评估证据情况：
- 在决定是否继续仲裁前，您应全面评估现有证据的情况。如果已有充分证据支持您的诉求，且仲裁机构对案件具有管辖权，则可以考虑继续仲裁。
- 如果证据不足或无法收集到新证据，则可能需要考虑其他纠纷解决方式。
咨询专业律师：
- 在做出决定前，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和法律法规，为您提供更具体的建议和指导。
- 作为专注于劳动纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和帮助。
考虑实际需求与成本：
- 在决定是否继续仲裁时，您还应考虑自己的实际需求和成本。如果仲裁成本过高或预期效益有限，则可能需要选择其他更经济、高效的纠纷解决方式。
最后，是否继续仲裁需根据您的具体情况和需求来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。