没收上级发给的个人荣誉证书是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 若没收行为缺乏合法依据：

   • 个人荣誉证书是对个人成就或贡献的认可，具有人身专属性。若上级或任何机构在没有合法依据（如法律法规、单位规章制度等明确规定）的情况下，擅自没收个人荣誉证书，可能构成对个人荣誉权的侵犯。
   • 在此情况下，被没收证书的个人有权要求恢复名誉、消除影响，并可能依据相关法律规定，要求侵权人承担民事责任，如赔礼道歉、赔偿损失等。

2. 若没收行为有合法依据且程序正当：

   • 如果上级或单位有明确的规章制度，规定在某些特定情况下（如个人违反单位规定、造成重大损失等）可以没收个人荣誉证书，并且该规章制度在制定过程中遵循了民主程序、公开透明，且被没收者事先知晓并同意，那么这种没收行为可能是合法的。
   • 但即便如此，没收行为也应当遵循正当程序，如事先通知、给予申辩机会等，以确保被没收者的合法权益不受侵害。

3. 若没收行为涉及刑事犯罪：

   • 在极少数情况下，如果没收个人荣誉证书的行为伴随着其他更严重的违法行为，如盗窃、抢劫、故意毁坏财物等，并且这些行为达到了刑事犯罪的标准，那么相关责任人可能面临刑事责任的追究。
   • 例如，如果某人通过非法手段（如盗窃）获取了他人的荣誉证书并予以没收，那么该行为可能构成盗窃罪，依法应受到刑事处罚。

法律建议：

• 如果您认为自己的个人荣誉证书被非法没收，首先应当尝试与上级或相关机构进行沟通，了解没收的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，或者您认为没收行为缺乏合法依据，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起民事诉讼，要求恢复名誉、消除影响并赔偿损失。
• 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如荣誉证书的原件或复印件、没收行为的证明材料等，以便在需要时提供给法院或相关机构。

可能的法律后果：

• 如果没收行为被认定为违法，被没收者有权要求恢复名誉、消除影响，并可能获得相应的民事赔偿。
• 如果没收行为涉及刑事犯罪，相关责任人可能面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等。