提交异议书后，公司的回复内容确实可能对后续结果产生重要影响。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、公司回复的实质内容
认可异议内容：
- 如果公司在回复中明确认可了异议书中的部分或全部内容，并表示愿意进行相应的调整或修正，那么这通常会对后续结果产生积极影响。例如，在股权转让纠纷中，如果公司认可了异议书中关于股权转让程序不合法的观点，并同意重新进行股权转让，那么这很可能有助于解决纠纷。
否认异议内容：
- 相反，如果公司完全否认了异议书中的内容，并坚持自己的立场，那么这可能会导致后续结果的不确定性增加。在这种情况下，双方可能需要通过进一步的协商、调解或诉讼来解决争议。例如，公司可能坚持认为股权转让程序合法，而异议方则认为存在瑕疵，此时双方可能需要通过法律途径来明确股权转让的效力。
部分认可与部分否认：
- 还有一种情况是公司对异议书中的内容部分认可、部分否认。这种情况下，后续结果将取决于双方能否就认可的部分达成一致，并就否认的部分进行进一步的协商或诉讼。
二、公司回复的形式与程序
回复的及时性：
- 公司回复的及时性也可能影响后续结果。如果公司能够在规定的时间内及时回复异议书，并表明自己的立场和态度，那么这有助于双方及时沟通、协商，从而可能更快地解决争议。相反，如果公司拖延回复或未在规定时间内回复，那么这可能会加剧双方的不信任和矛盾，导致后续结果的不确定性增加。
回复的规范性：
- 公司回复的规范性也是影响后续结果的重要因素。如果公司能够按照法律程序和规定的要求进行回复，如提供充分的证据和理由来支持自己的立场，那么这有助于增强回复的说服力和可信度。相反，如果公司回复不规范、缺乏证据支持或理由不充分，那么这可能会削弱回复的说服力，导致后续结果的不利。
三、法律建议与策略
准备充分的证据和理由：
- 在提交异议书时，应准备充分的证据和理由来支持自己的立场。这样，即使公司否认异议内容，异议方也有足够的依据来进行进一步的协商或诉讼。
关注公司回复的实质与形式：
- 在收到公司的回复后，应仔细分析回复的实质内容和形式程序。如果发现公司回复存在不合理或不合规之处，应及时提出并要求公司进行修正或补充。
考虑进一步的协商或诉讼：
- 如果双方无法就异议内容达成一致，应考虑进一步的协商或诉讼来解决争议。在此过程中，应寻求专业律师的帮助来制定合适的策略和方案。
综上所述，提交异议书后公司的回复内容、形式与程序都可能对后续结果产生重要影响。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各种因素并制定合适的策略和方案。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。