结论：厂里老板合伙人跟员工有利益关系被告，是否会有事取决于具体的利益关系性质、是否违反法律法规以及是否给公司或其他股东造成损失。以下从不同角度进行分析。

1. 利益关系合法且未造成损失

• 如果老板合伙人与员工之间的利益关系是合法的，例如正常的业务合作、股权激励计划等，并且这种利益关系没有违反公司章程、法律法规，也没有给公司或其他股东造成损失，那么通常不会因此承担法律责任。
• 法律依据：根据《公司法》及相关法律法规，公司股东、董事、监事、高级管理人员等在履行职责时，应当遵守法律、行政法规和公司章程，不得利用职权收受贿赂或者其他非法收入，不得侵占公司的财产。如果利益关系符合这些规定，则无需承担责任。

2. 利益关系违法或造成损失

• 如果老板合伙人与员工之间的利益关系违反了法律法规或公司章程，例如通过不正当手段获取利益、侵占公司财产、损害公司或其他股东的利益等，那么他们可能会因此承担法律责任。
• 法律责任类型：
  • 民事责任：如果利益关系导致公司或其他股东遭受损失，受损方可以要求赔偿损失。
  • 行政责任：如果利益关系违反了行政法规，相关责任人可能会受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
  • 刑事责任：如果利益关系涉及犯罪行为，如贪污、受贿、职务侵占等，相关责任人可能会被追究刑事责任。
• 法律依据：根据《公司法》第一百四十九条，董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。同时，根据《刑法》的相关规定，涉及犯罪的行为将受到刑事处罚。

3. 利益关系与公司治理的关系

• 即使老板合伙人与员工之间的利益关系本身不违法，但如果这种关系影响了公司的正常治理，如导致决策不公正、损害其他股东权益等，也可能引发法律纠纷。
• 建议：公司应建立健全的治理结构，确保决策过程公正、透明，避免利益冲突对公司造成不利影响。同时，股东、董事、监事等应履行忠实和勤勉义务，维护公司和其他股东的利益。

4. 应对策略

• 自查自纠：如果发现存在可能引发法律纠纷的利益关系，相关责任人应主动自查自纠，及时纠正不当行为。
• 法律咨询：在涉及复杂利益关系时，建议咨询专业律师，了解法律风险并制定应对策略。
• 完善制度：公司应完善内部管理制度，明确利益冲突的防范和处理机制，降低法律风险。

总结与建议：厂里老板合伙人跟员工有利益关系被告，是否会有事取决于利益关系的性质、是否违反法律法规以及是否给公司或其他股东造成损失。为避免法律纠纷，建议公司建立健全的治理结构，相关责任人应履行忠实和勤勉义务，并在涉及复杂利益关系时咨询专业律师。如有具体法律问题，可直接向我咨询。