用人单位仅对裁决书的不服部分提起诉讼，未提起部分不生效。具体分析如下：
一、法律背景与规定
根据《劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释，劳动争议仲裁机构作出仲裁裁决后，当事人对裁决中的部分事项不服，依法提起诉讼的，整个劳动争议仲裁裁决不发生法律效力。这意味着，一旦当事人对裁决书中的任何一部分提起诉讼，那么裁决书中的所有内容都将不再具有法律效力，而需要等待法院的最终判决。
二、未起诉部分的法律效果
整体不生效：由于当事人对裁决书中的部分事项提起了诉讼，根据法律规定，整个裁决书将不发生法律效力。这包括当事人未提起诉讼的部分。
法院处理原则：虽然未起诉部分在仲裁裁决中已得到支持，但由于整个裁决书不发生法律效力，法院在审理时将对所有相关事项进行全面审查。对于未起诉部分，如果其属于人民法院受理的案件范围，法院应当在判决主文中予以确认。
三、实际案例与操作
以具体案例为例，假设仲裁裁决书裁决：1. 用人单位支付劳动者工资5万元；2. 用人单位支付劳动者经济补偿3万元。如果劳动者仅就5万元工资提起诉讼，用人单位未起诉，那么：
一审处理：法院可能仅针对5万元工资的诉讼请求进行判决，而不会主动处理3万元经济补偿的问题。但由于整个仲裁裁决不发生法律效力，3万元经济补偿的部分将无法直接依据裁决书申请强制执行。
二审纠正：如果二审法院认为一审未将未起诉部分在判决主文中确认处理不当，可能会撤销一审判决，并在判决主文中对未起诉部分进行确认。这样，如果对方不执行，当事人可以依据判决书向法院申请强制执行。
四、建议与注意事项
全面审查：当事人在收到仲裁裁决书后，应全面审查裁决内容，决定是否对全部或部分裁决事项提起诉讼。
明确诉讼请求：如果当事人决定对部分裁决事项提起诉讼，应在诉讼请求中明确列出，并考虑未起诉部分在法院审理中的可能处理方式。
关注判决主文：在法院审理过程中，当事人应关注判决主文的内容，确保未起诉部分在判决中得到确认，以便后续执行。
及时咨询：由于劳动争议案件涉及的法律问题复杂多样，当事人在处理过程中如有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。
综上所述，用人单位仅对裁决书的不服部分提起诉讼时，未提起部分同样不生效。当事人在处理此类案件时，应全面考虑法律后果，并咨询专业律师以确保自身权益得到妥善维护。