在原告起诉被告还款及承担保证责任，而被告反诉合同无效的情况下，应按以下步骤和原则处理：
一、合同无效主张的全面审查
法定无效情形判断：
- 依据《民法典》的相关规定，判断合同是否存在法定的无效情形。这包括但不限于：合同是否违反法律法规的强制性规定、是否存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情况、是否一方以欺诈、胁迫的手段订立合同损害国家利益等。
- 例如，若合同中存在欺诈条款，导致被告在违背真实意思的情况下签订了合同，那么被告有权主张合同无效。
证据收集与分析：
- 被告需要收集并分析能够证明合同无效的相关证据。这些证据可能包括合同签订的背景资料、过程中的具体情节、双方的真实意思表示等。
- 证据应充分、确凿，能够形成完整的证据链，以支持合同无效的主张。
二、本诉与反诉的关联性分析
同一法律关系或事实：
- 确保反诉的提出与本诉基于同一法律关系或同一事实。这是反诉成立的重要前提。
- 例如，若原告起诉被告还款是基于一份借款合同，而被告反诉该借款合同无效，那么这两者就是基于同一法律关系（借款合同关系）提出的。
对抗性目的：
- 反诉的目的应具有对抗性，即旨在抵消或排斥原告的本诉请求。
- 在本例中，被告反诉合同无效的目的就是为了对抗原告要求其还款及承担保证责任的请求。
三、法院审理结果及后续处理
合同无效的法律后果：
- 若法院认定合同无效，那么根据《民法典》的规定，合同自始无效，双方基于该合同所获取的财产原则上都应返还给对方。
- 若存在不能返还或没必要返还的情况，则需要进行折价补偿。同时，若一方存在过错，该方需赔偿对方因此遭受的损失；若双方都有过错，则各自承担相应责任。
合同有效的法律责任：
- 若法院维持合同有效，那么被告就需要承担相应的法律责任，包括还款及承担保证责任等。
- 在这种情况下，被告应积极履行合同义务，避免进一步的法律纠纷。
四、实际操作建议
严格遵循法定程序：
- 在整个过程中，被告应严格遵循法定程序，确保自己的权益得到充分保障。
- 这包括及时提出反诉、提交相关证据、参加庭审等。
积极维护自身权益：
- 被告应积极维护自己的合法权益，不要因害怕或忽视而放弃反诉的权利。
- 同时，也要尊重法院的审理结果，若对结果有异议，可以通过合法途径进行申诉或上诉。
举例说明：假设原告与被告签订了一份借款合同，并约定了还款期限和保证责任。后因某种原因，被告认为该合同存在欺诈情形，遂在原告起诉其还款及承担保证责任时，提出反诉主张合同无效。在这种情况下，法院会对合同的有效性进行全面审查，并根据审查结果作出相应判决。若法院认定合同无效，那么被告就不需要承担还款及保证责任；若法院维持合同有效，那么被告就需要按照合同约定履行相关义务。
综上所述，在处理原告起诉被告还款及承担保证责任，而被告反诉合同无效的情况时，应全面审查合同无效的主张、分析本诉与反诉的关联性、根据法院审理结果作出相应决策，并严格遵循法定程序维护自身权益。