在审查起诉阶段，卷宗材料原则上应已移送至人民检察院，若仍留在公安机关，可能涉及特殊程序或情况，需分情形处理。具体分析如下：

1. 正常程序下，卷宗应已移送检察院

根据《刑事诉讼法》第172条，公安机关侦查终结后，应将案件移送同级人民检察院审查起诉，移送材料包括全部案卷证据、诉讼文书及物证。若案件已进入审查起诉阶段（即检察院已受理），卷宗理论上不应再由公安机关保管。

2. 若卷宗仍在公安机关，可能存在以下情形

• 补充侦查阶段：
  根据《刑事诉讼法》第175条，检察院审查案件时，可要求公安机关补充侦查，或自行侦查。此时，公安机关可能需根据检察院要求补充证据，卷宗可能暂时留存以完善材料，但补充侦查期限不得超过1个月，且最多2次。补充完毕后，公安机关应立即将完整卷宗移送检察院。

• 技术性或程序性延迟：
  如卷宗整理、装订未完成，或移送过程中存在物流、审批等环节延误，可能导致卷宗暂时未到达检察院。但此类情况通常不会长期存在，检察院会督促公安机关尽快移送。

• 特殊案件程序：
  如涉及国家安全、恐怖活动等特殊案件，可能适用特别程序，但卷宗管理仍需遵循刑事诉讼法基本规定，最终仍应移送检察院审查。

3. 当事人或辩护人如何应对？

• 核实案件阶段：
  首先确认案件是否已正式由检察院受理（可通过检察院案件信息公开网查询，或联系承办检察官）。若检察院已受理，卷宗未移送可能属程序瑕疵，可向检察院提出书面申请，要求调取卷宗或督促公安机关移送。

• 行使诉讼权利：
  根据《刑事诉讼法》第40条，辩护人自案件移送审查起诉之日起，有权查阅、摘抄、复制案卷材料。若卷宗未移送导致无法行使权利，可向检察院提出申诉，要求保障辩护权。

• 关注补充侦查期限：
  若案件处于补充侦查阶段，需注意补充侦查期限是否超期（累计不得超过2个月）。若超期未移送，可向检察院提出程序违法异议，要求加快审理进度。

4. 法律风险提示

卷宗未及时移送可能影响案件审查进度，甚至导致超期羁押等程序违法问题。若发现此类情况，建议及时通过书面形式向检察院提出监督申请，避免权利受损。

如有具体案件疑问，可直接向我提供案情细节，我将进一步分析程序合法性及应对策略。