转正后仍与人力资源部门签订合同，这一做法本身并不异常，但具体原因需结合公司实际情况和合同内容来分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：

1. 合同续签的常规性

• 合同到期续签：在大多数情况下，员工转正后，其与公司的劳动关系已经稳定，但原劳动合同可能因期限届满而需要续签。此时，无论是由人力资源部门直接负责，还是通过其他部门协调，最终都需要与员工签订新的劳动合同。因此，与人力资源部门签订合同可能是合同到期后的正常续签流程。
• 合同内容更新：随着员工在公司的发展，其职位、薪资、工作职责等可能发生变化。为了明确双方的权利和义务，公司可能会选择与员工签订新的劳动合同或补充协议。这一过程中，人力资源部门作为负责员工关系和合同管理的部门，自然会参与其中。

2. 公司内部管理架构

• 人力资源部门职责：人力资源部门在公司中通常负责员工招聘、培训、绩效管理、薪酬福利以及劳动关系管理等工作。签订劳动合同是劳动关系管理的重要组成部分，因此，由人力资源部门负责签订合同是符合其职责范围的。
• 部门间协作：虽然合同签订主要由人力资源部门负责，但在某些情况下，其他部门（如法务部、业务部等）也可能参与合同内容的审核或提供意见。然而，最终签订合同的主体仍然是公司与员工双方，而人力资源部门往往作为公司的代表进行签署。

3. 法律合规性考虑

• 遵守劳动法规：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。人力资源部门作为公司负责劳动合同管理的部门，有义务确保合同的签订、履行和变更符合法律要求。
• 避免法律风险：通过与人力资源部门签订合同，公司可以更好地控制法律风险。人力资源部门通常具备专业的法律知识和经验，能够确保合同条款的合法性和有效性，从而避免因合同问题而引发的法律纠纷。

4. 特殊情况分析

• 集团或关联公司情况：如果员工所在的公司是集团或关联公司的一部分，其劳动合同可能与集团总部或另一家关联公司的人力资源部门签订。这种情况下，虽然员工在某一家子公司工作，但合同关系可能归属于集团或另一家关联公司。
• 外包或派遣情况：在某些特殊情况下，员工可能通过劳务派遣或外包的方式进入公司工作。此时，员工的劳动合同可能与派遣公司或外包公司签订，而并非直接与所在公司的人力资源部门签订。然而，这种情况并不属于“转正后仍与人力资源部门签订合同”的范畴。

建议与注意事项

• 仔细阅读合同条款：无论与哪个部门签订合同，员工都应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 咨询专业意见：如果对合同内容有疑问或不确定的地方，可以咨询专业律师或法律顾问的意见。
• 保留合同副本：签订合同后，员工应妥善保管合同副本，以备不时之需。

如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。