结论前置：在兄弟共屋但未签订分房协议的情况下，国土部门能否批地需分情况讨论，具体结论如下：

1. 若房屋产权已明确登记在兄弟一方或双方名下，且批地申请符合土地管理法规
   国土部门可依法批地。根据《土地管理法》及实施条例，批地的核心条件是申请符合土地利用总体规划、用途管制要求，且申请人具备合法用地资格（如农村村民一户一宅）。若兄弟共屋但产权清晰（如共同共有或按份共有），且批地申请未违反“一户一宅”原则（如申请新建住宅未超出规定面积），国土部门可履行审批职责。此时，未签订分房协议不影响批地合法性，但可能影响后续产权分割的民事权益。

2. 若房屋产权存在争议，或批地申请违反“一户一宅”等强制性规定
   国土部门不得批地。根据《行政许可法》第三十四条，行政机关需对申请材料进行实质审查。若兄弟共屋但未明确产权份额，且批地申请涉及分割原有宅基地（如申请将共屋土地拆分审批），可能因“一户一宅”限制（同一户内不得重复申请宅基地）或产权争议（如无法证明申请人符合独立用地资格）被驳回。此外，若批地申请涉及改变土地用途（如将宅基地转为商业用地），需经规划部门变更手续，否则亦属违法。

关键点解析：

• 产权登记是批地的前提：国土部门审批时，主要审查土地权属证明（如不动产权证）、申请人资格（如户籍、一户一宅证明）及规划符合性。未签订分房协议仅影响兄弟内部权益分配，不直接决定批地合法性。
  
• “一户一宅”原则的适用：若兄弟已分户且各自符合申请条件（如均达到法定婚龄、无其他宅基地），可分别申请批地；若未分户，则通常只能以“一户”名义申请一处宅基地。
  
• 争议解决途径：若因未签协议导致产权不明，兄弟可通过协商、调解或民事诉讼（如分家析产纠纷）明确产权后，再申请批地。

建议：
若您面临此类问题，建议先通过家庭协商或法律途径明确房屋产权份额，再向国土部门提交符合规定的批地申请。如有具体材料（如土地证、户籍信息）需进一步分析，可直接向我提供细节，我将结合地方政策为您详细解答。