结论前置：
- 若甲方负全责或部分责任：即使乙方车辆上了保险，甲方仍需根据责任比例承担相应的赔偿责任。
- 若乙方负全责：乙方车辆上的保险将用于赔偿乙方的车辆损失，但甲方的赔偿责任不因此免除，不过实际赔偿可能由乙方的保险公司代为承担（在保险限额内）。
- 特殊情况：若存在保险免赔、不足额投保或保险拒赔等情况，甲方可能仍需承担部分或全部赔偿责任。
详细分析：
在交通事故中，当甲方把乙方的车碰坏了，且乙方车辆上了保险时，赔偿问题的处理需综合考虑多个因素。
一、责任认定
首先，需要明确事故的责任划分。这通常由交警部门根据现场勘查、证人证言等证据进行认定。责任划分可能包括甲方全责、甲方主责、双方同责、甲方次责或无责等多种情况。
二、保险赔偿流程
乙方车辆保险：
- 乙方车辆上的保险（如车损险）主要用于赔偿乙方自身的车辆损失。
- 若乙方负全责，其保险公司将在保险限额内赔偿乙方的车辆损失。但这并不免除甲方可能存在的其他赔偿责任（如人身伤害赔偿）。
甲方赔偿责任：
- 无论乙方车辆是否上了保险，甲方都需根据其在事故中的责任比例承担相应的赔偿责任。
- 若甲方负全责或部分责任，其需赔偿乙方因事故导致的合理损失（包括车辆损失、人身伤害等），但车辆损失部分可能由乙方的保险公司代为承担（在保险限额内）。
- 若乙方负全责，甲方理论上无需赔偿乙方车辆损失，但需注意是否存在其他赔偿责任（如乙方车上人员的人身伤害赔偿）。
三、特殊情况考虑
保险免赔：
- 若乙方的保险存在免赔条款（如事故责任免赔率），则保险公司可能不承担全部赔偿责任，剩余部分需由乙方或甲方（根据责任比例）承担。
不足额投保：
- 若乙方车辆未足额投保，保险公司将按投保比例赔偿，不足部分需由乙方或甲方（根据责任比例）承担。
保险拒赔：
- 若乙方的保险因某种原因拒赔（如事故不属于保险范围），则乙方需自行承担损失，或向甲方追偿（根据责任比例）。
四、法律建议
及时报案：
- 事故发生后，双方应及时向交警部门和保险公司报案，以便尽快进行责任认定和保险理赔。
保留证据：
- 双方应保留好与事故相关的所有证据（如现场照片、证人证言、医疗记录等），以便在需要时提供证明。
协商与诉讼：
- 双方可尝试通过协商解决赔偿问题。若协商不成，可依法向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行判决。
总结与引导：
在交通事故中，赔偿问题的处理需综合考虑责任认定、保险赔偿流程以及特殊情况等多个因素。若您在此类问题上存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供全面、准确的法律建议。