债权人行使代位权通常不受仲裁条款的约束，但具体情形需结合债务人与相对人、债权人与债务人之间的债权债务关系及仲裁协议的具体内容来分析。以下从两个层面进行详细阐述：
一、债务人与相对人之间的债权债务关系订有仲裁协议
代位权诉讼不受仲裁协议约束：
- 根据《民法典》第五百三十五条第一款的规定，代位权只能通过向人民法院起诉的方式行使。若代位权诉讼受仲裁协议约束，债务人可能恶意与相对人事先订立仲裁协议，以排除债权人行使代位权，从而实质架空代位权制度。
- 代位权源自法律的直接规定，属于法定权利，非约定权利，不能通过约定方式排除其行使。代位权既非代理权，也不同于债权转让，不存在仲裁协议由债权人继受的法理基础。
- 在代位权诉讼中，债权人并非债务人与相对人签订合同的一方当事人，也非该合同项下的权利义务受让人。因此，债务人与相对人之间约定的仲裁条款对债权人并无约束力，仲裁协议不能对抗债权人代位权诉讼的法定管辖。
可能引起诉讼中止：
- 尽管代位权诉讼不受仲裁协议约束，但若债务人或相对人在首次开庭前就债务人与相对人之间的债权债务关系申请仲裁，人民法院可以依法中止代位权诉讼，等待仲裁结果。这是对仲裁协议的尊重和维护。
二、债权人与债务人之间的债权债务关系订有仲裁协议
不影响债权人提起代位权诉讼：
- 债权人与债务人之间的仲裁协议，只在当事人对债权人是否享有债权及其数额大小有争议时才有意义。但债权是否存在是代位权行使的实体条件，而非程序条件。
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》第四十条第二款的规定，债务人的相对人仅以债权人提起代位权诉讼时债权人与债务人之间的债权债务关系未经生效法律文书确认为由，主张债权人提起的诉讼不符合代位权行使条件的，人民法院不予支持。这里的生效法律文书当然也包括仲裁裁决书。
特定情形下可能影响诉讼进行：
- 如果债务人对债权人是否享有债权及其数额大小有争议，且该争议直接影响受理代位权诉讼的人民法院对代位权是否成立的判断，则属于“本案必须以另一案的审理结果为依据，而另一案尚未审结”的情形，代位权诉讼应当依法中止，等待仲裁程序就债权人与债务人之间的债权债务关系作出裁决。
法律建议
- 债权人角度：在行使代位权时，无需过分担忧债务人与相对人之间的仲裁协议。但应关注债务人与相对人之间的债权债务关系是否可能引发仲裁，以及该仲裁是否可能影响代位权诉讼的进行。
- 债务人角度：若希望避免债权人行使代位权，不能仅依赖与相对人之间的仲裁协议。应积极行使自身权利，避免怠于行使债权或相关从权利，以免给债权人行使代位权提供机会。
- 相对人角度：在面对债权人行使代位权时，应审查自身与债务人之间的债权债务关系是否订有仲裁协议，以及该协议是否可能影响代位权诉讼的管辖和进行。同时，应积极准备应诉材料，以维护自身合法权益。
典型案例：与《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》一同发布的典型案例五“某控股株式会社与某利公司等债权人代位权纠纷案”即涉及此类情形。在该案中，尽管债权人与债务人、债务人与相对人之间的两段债权债务关系各订有仲裁协议，但债权人仍成功提起了代位权诉讼。
综上所述，债权人行使代位权通常不受仲裁条款的约束，但需关注特定情形下可能引起的诉讼中止等问题。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。