结论：仲裁条款一般不影响代位诉讼的进行，行使代位权时通常不能适用原合同中的仲裁协议。以下从法律依据、法理分析、实践考量三个层面详细阐述：
法律依据
《民法典》第五百三十五条：此条款明确了债权人代位权的行使方式是通过向人民法院提起诉讼，而非依据原合同的仲裁协议申请仲裁。它规定，因债务人怠于行使其债权或者与该债权有关的从权利，影响债权人的到期债权实现的，债权人可以向人民法院请求以自己的名义代位行使债务人对相对人的权利，但是该权利专属于债务人自身的除外。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第十三条第二款：该条款进一步明确规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。但合同法（已失效，相关内容由《民法典》继承）第七十三条规定的保全措施（包含代位权诉讼）、第五十五条规定的撤销权以及继承法（已失效，相关内容由《民法典》继承）规定中涉及的纠纷，当事人订有仲裁协议的，人民法院也应当受理，不受仲裁协议的约束。
法理分析
合同相对性原则的体现：仲裁协议是原合同双方当事人基于合意达成的解决争议的方式，其效力仅及于签订仲裁协议的双方当事人。在代位权诉讼中，债权人以自己的名义向次债务人主张权利，此时债权人并非原仲裁协议的当事人，原仲裁协议对债权人没有约束力。例如，甲与乙签订了买卖合同，并约定了仲裁条款，丙是甲的债务人，若甲怠于向丙行使债权影响了乙的权利实现，乙作为债权人提起代位权诉讼时，不能受甲和丙之间仲裁协议的约束。
保障代位权制度功能的实现：代位权制度的设立旨在保护债权人的合法权益，防止债务人消极对待债权，确保债权的顺利实现。如果允许在代位权诉讼中适用原合同的仲裁协议，可能会因为仲裁程序的不确定性、复杂性等因素，导致代位权诉讼无法及时、有效地进行，从而影响代位权制度的功能发挥。比如，仲裁程序的启动、仲裁庭的组成等可能需要较长时间，这会使债权人的权益长期处于不确定状态。
实践考量
避免程序混乱：在一个涉及多方当事人的法律关系中，如果允许在代位权诉讼中适用原合同的仲裁协议，可能会导致不同的争议解决方式和程序相互交织，增加司法实践的复杂性和不确定性。例如，可能会出现部分争议通过仲裁解决，部分争议通过诉讼解决的局面，这不仅会增加当事人的诉讼成本和时间成本，也不利于法院或仲裁机构对案件的统一审理和裁判。
维护司法统一：由法院统一审理代位权诉讼案件，有利于保证法律的统一适用和裁判标准的统一。不同仲裁机构的仲裁规则和裁决标准可能存在差异，如果在代位权诉讼中适用仲裁协议，可能会导致类似案件的裁决结果不一致，影响司法的公正性和权威性。
特殊情况说明：虽然一般情况下仲裁条款不影响代位诉讼，但在某些极为特殊的合同纠纷中，如果主合同约定的仲裁条款适用范围明确涵盖了代位权纠纷，且该仲裁条款有效，同时满足其他仲裁受理条件（如仲裁机构的选定等），理论上代位权纠纷也有可能通过仲裁解决。不过，这种情况在实践中极为罕见，且需要严格的条件限制和具体的合同内容支撑。
建议：在实际操作中，如果面临涉及仲裁条款和代位诉讼的情况，债权人应优先考虑通过诉讼方式行使代位权，以最大程度地维护自己的合法权益。如果认为存在特殊情况可能适用仲裁，建议咨询专业律师进行详细分析和判断。
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