自然人合作开发房地产时，是可以设置目标公司义务的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律框架下的可行性
在法律框架内，自然人合作开发房地产通常通过签订合作协议或设立项目公司（即目标公司）的方式来实现。这种合作模式下，各方可以明确约定各自的权利和义务，包括目标公司在项目开发、资金管理、利润分配等方面的具体职责。
合同自由原则：根据《民法典》的相关规定，合同双方享有充分的合同自由，可以在不违反法律、行政法规的强制性规定和不违背公序良俗的前提下，自由约定合同内容。因此，在自然人合作开发房地产的协议中，完全可以设置目标公司的相关义务。
公司法规定：如果合作各方选择设立项目公司（目标公司）来开发房地产，那么目标公司作为独立的法人实体，其义务和责任将受到《公司法》的规范。合作各方可以通过公司章程或股东协议等方式，明确目标公司在项目开发中的具体义务，如按时完成工程进度、保证工程质量、合理分配利润等。
二、实际操作中的考虑因素
在实际操作中，设置目标公司义务时需要考虑多个因素，以确保合作顺利进行并降低法律风险。
明确义务内容：合作各方应详细、明确地约定目标公司的义务内容，包括但不限于项目开发的具体步骤、时间节点、质量标准、资金管理方式等。这有助于避免合作过程中因义务不明确而产生的纠纷。
合理分配风险：在设置目标公司义务时，应合理分配各方可能面临的风险。例如，可以约定目标公司因管理不善导致项目亏损时，各方应如何承担损失；或者约定在项目开发过程中遇到不可抗力因素时，各方应如何调整合作方案等。
建立监督机制：为了确保目标公司能够按照约定履行义务，合作各方可以建立监督机制，如定期召开股东会议、聘请第三方机构进行审计等。这有助于及时发现并解决问题，保障合作的顺利进行。
三、可能面临的法律风险及防范措施
在设置目标公司义务时，合作各方也可能面临一些法律风险，如目标公司违约、合作协议无效等。为了防范这些风险，可以采取以下措施：
完善合同条款：在签订合作协议时，应确保合同条款的完善性和合法性。可以聘请专业律师对合同进行审查，以确保合同内容符合法律、行政法规的规定，并能够有效保护各方的合法权益。
办理相关手续：如果合作涉及房地产项目的开发、建设等环节，应确保按照相关规定办理相关手续，如取得土地使用权证、规划许可证、施工许可证等。这有助于避免因手续不全而导致的法律风险。
及时解决纠纷：在合作过程中，如果发生纠纷或争议，应及时通过协商、调解或诉讼等方式解决。可以约定纠纷解决的方式和程序，以确保纠纷能够得到及时、有效的处理。
总结与建议：
自然人合作开发房地产时设置目标公司义务是可行的，但需要在法律框架内进行，并充分考虑实际操作中的考虑因素和可能面临的法律风险。建议合作各方在签订合作协议前，充分沟通、协商，明确各自的权利和义务，并聘请专业律师对合同进行审查。在合作过程中，应建立有效的监督机制，及时发现并解决问题，确保合作的顺利进行。如果您在自然人合作开发房地产方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。