合作开发的自然人可以是单位的职工。在法律上，并没有明确规定合作开发的自然人不能是单位的职工。合作开发通常指的是多方共同参与某项技术、产品或服务的研发工作，这些参与方可以是自然人、法人或其他组织。

从劳动法的角度来看，单位的职工与单位之间存在劳动关系，但这并不妨碍职工在业余时间或经单位同意的情况下，与其他自然人或单位进行合作开发。实际上，很多技术创新和产品研发都是在职员工与企业外部的合作中诞生的。

因此，合作开发的自然人完全可以是单位的职工，只要双方或多方在合作开发过程中明确各自的权利、义务和责任，并遵守相关法律法规和合同约定即可。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。