针对您提出的“有业主擅自在小区种树违法吗以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、关于业主擅自在小区种树是否违法

首先，我们需要明确的是，小区内的公共区域，包括绿化区域，其使用权和管理权通常归属于全体业主共有，并由物业公司负责日常管理和维护。业主在小区内擅自种树，这一行为本身并不直接构成违法，但关键在于种树的行为是否符合小区的管理规定、是否影响了其他业主的权益以及是否破坏了小区的整体规划和绿化布局。

1. 若种树行为符合小区规定：如果业主在种树前已经向物业公司或相关管理部门提出了申请，并获得了批准，且种树的位置、种类等均符合小区的整体规划和绿化要求，那么这种行为是合法的。

2. 若种树行为违反小区规定：如果业主未经批准擅自种树，或者种树的位置、种类等违反了小区的管理规定，影响了其他业主的居住环境或破坏了小区的整体美观，那么这种行为就可能构成对公共利益的侵害，虽然不直接等同于违法，但会受到物业公司的制止和管理，甚至可能需要承担相应的民事责任。

二、关于如何处理业主擅自在小区种树的问题

1. 物业公司应加强管理：物业公司作为小区的管理者，应加强对小区公共区域的管理，制定明确的绿化管理规定，并告知全体业主。对于擅自种树的行为，物业公司应及时发现并制止，要求业主恢复原状或进行整改。

2. 业主应遵守小区规定：作为小区的一员，业主应自觉遵守小区的管理规定，尊重公共利益和其他业主的权益。在需要种树时，应提前向物业公司或相关管理部门提出申请，并按照规定的程序进行审批和备案。

3. 必要时可寻求法律帮助：如果业主擅自种树的行为严重影响了小区的整体规划和绿化布局，或者造成了其他业主的权益受损，且物业公司无法有效解决时，受损业主或物业公司可以向相关部门投诉或寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

三、法律法规依据

虽然直接针对业主擅自在小区种树的法律法规可能并不明确，但我们可以从相关法律法规中找到依据。例如，《城市绿化条例》等法规对城市绿化的管理和保护做出了规定，虽然主要针对的是城市公共区域的绿化，但小区绿化作为城市绿化的重要组成部分，也应受到相应的保护和管理。

综上所述，业主擅自在小区种树的行为是否违法取决于多种因素。为了避免不必要的纠纷和损失，建议业主在种树前先向物业公司或相关管理部门提出申请，并按照规定的程序进行审批和备案。同时，物业公司也应加强管理，确保小区的整体规划和绿化布局得到妥善维护。