结论前置：针对小偷偷东西被发现后交通工具留下来的处理方式，需根据具体情况分情况讨论，主要涉及刑事追责、物证处理及民事赔偿等方面。以下是具体分析：
1. 刑事追责与物证固定
- 交通工具作为物证：若交通工具系小偷实施盗窃时使用的工具（如摩托车、汽车等），根据《刑事诉讼法》第五十条，该车辆可能被认定为犯罪工具，需由公安机关依法扣押、固定证据。扣押程序需出具《扣押决定书》，并制作扣押清单，由侦查人员、见证人及物品持有人签字确认。
- 车主身份与责任：
- 若车主不知情：若交通工具系被盗或借用后被用于犯罪，车主无主观故意，不承担刑事责任，但需配合调查并提供车辆来源证明（如购车发票、行驶证等）。
- 若车主知情或共谋：若车主明知车辆被用于犯罪仍提供，可能构成共同犯罪，需承担相应刑事责任。
2. 物证处理与返还
- 扣押期限：根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百二十八条，扣押期限一般不超过三个月；特殊情况下可延长，但需履行审批手续。
- 返还条件：若车辆经查证与案件无关（如非犯罪工具），或案件终结后需返还车主，公安机关应出具《返还物品清单》，由车主签收。若车辆系赃物或犯罪工具，则可能被依法没收或拍卖。
3. 民事赔偿与权利主张
- 车主损失赔偿：若车辆因被扣押导致损坏或贬值，车主可向小偷主张民事赔偿。根据《民法典》第一千一百八十四条，赔偿范围包括车辆维修费、折旧费等直接损失。
- 赔偿程序：车主需在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，或单独提起民事诉讼，需提供车辆价值证明（如评估报告）、扣押记录等证据。
4. 特殊情形处理
- 交通工具系赃物：若车辆本身系小偷盗窃所得，公安机关需追缴并返还原车主。原车主需提供购车凭证、车辆登记证等证明所有权。
- 无主车辆处理：若车辆长期无人认领，公安机关可依据《公安机关办理行政案件程序规定》第一百九十七条，发布认领公告；公告期满后仍无人认领的，按无主财物处理。
行动建议
- 车主：立即向公安机关报案，提供车辆信息及购买凭证，配合调查；若车辆被扣押，定期询问案件进展，要求及时返还。
- 受害方：若因车辆被扣押导致损失，保留相关证据，在刑事诉讼中主张赔偿。
- 公安机关：严格依法扣押、保管车辆，及时出具法律文书，避免程序违法。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细法律意见。