在签订以物抵债协议后两债并存的情况下，原则上选择权归属于债务人，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、原则上选择权归属于债务人
根据《民法典》第五百一十五条的规定：“标的有多项而债务人只需履行其中一项的，债务人享有选择权；但是，法律另有规定、当事人另有约定或者另有交易习惯的除外。” 在以物抵债协议中，若存在多个可履行的标的（如多种不同的物品或权利），而债务人只需履行其中一项以清偿债务，那么原则上债务人享有选择权。这种规定有利于债务人根据自身情况作出最适宜债务履行的选择，从而更大程度地确保交易的实现。
二、例外情形
尽管原则上选择权归属于债务人，但也存在例外情形，即：
法律另有规定：如果法律对选择权的归属有特别规定，那么应依照法律的规定来确定。
当事人另有约定：在民商事交易中，应尊重当事人的意愿。如果当事人就选择权的归属进行了专门的约定，那么应遵照他们的约定来确定。例如，双方可能在以物抵债协议中明确约定，在特定情况下选择权归属于债权人。
另有交易习惯：如果在某个特定区域、领域或行业之中，交易习惯得到广泛认可并频繁应用，或者是在某些特定的当事人之间较为常见，那么以交易习惯为基础确定选择权的归属也是合理的。
三、选择权转移的情形
如果享有选择权的当事人在约定期限内或者履行期限届满未作选择，且经催告后在合理期限内仍未选择的，那么选择权将转移至对方。这一规定旨在防止因一方迟迟不作选择而影响交易的进行。
四、法律建议
明确约定：在签订以物抵债协议时，双方应明确约定选择权的归属，以避免后续产生争议。
遵循交易习惯：如果双方之间存在特定的交易习惯，且该习惯在行业内得到广泛认可，那么可以遵循该习惯来确定选择权的归属。
及时行使选择权：享有选择权的当事人应及时行使权利，以免因逾期未作选择而导致选择权转移。
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