国有企业员工使用软件打卡本身并不违法，但具体是否违法需根据使用目的和方式来判断。以下从不同角度进行分析：
合法使用场景：
- 如果打卡软件用于正常的考勤管理，比如记录员工的上下班时间，以确保工作秩序和员工出勤情况，这是合理合法的行为，符合企业正常管理需求。国有企业作为用人单位，有权采用合理的考勤管理方式，打卡软件作为其中一种工具，其合法使用是被允许的。
违法使用场景：
- 作弊行为：如果使用打卡软件进行作弊，例如代打卡、虚假打卡等行为，则是违法的。这种行为违反了诚实信用原则，破坏了正常的管理秩序。对于企业来说，可能会导致工作效率低下、管理混乱等问题；对于劳动者而言，这种不诚信行为可能会损害自身职业声誉，甚至面临被辞退等后果。在国有企业中，这种行为同样会受到相应的纪律处分，甚至可能触犯法律。
- 非法目的：如果打卡软件被用于非法目的，比如窃取个人信息、实施诈骗等，那肯定是违法的。开发、传播这类具有非法用途的打卡软件属于违法行为，会受到法律制裁。国有企业员工如果参与此类行为，不仅可能面临刑事责任，还会对企业的声誉和利益造成严重损害。
法律建议：
- 国有企业员工在使用打卡软件时，应确保其使用目的合法合规，避免进行任何作弊或非法行为。
- 企业应加强对打卡软件的管理和监督，确保其不被用于非法目的或作弊行为。
- 如果员工发现打卡软件存在安全隐患或被用于非法目的，应及时向企业报告并配合相关部门进行调查。
可能的法律后果：
- 对于进行作弊行为的员工，企业可能会依据内部规章制度给予纪律处分，如警告、罚款、辞退等。
- 如果员工的作弊行为触犯了法律，如构成诈骗罪等，将面临刑事责任，可能被处以有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。
- 对于开发、传播具有非法用途打卡软件的人员，将受到法律的严厉制裁，包括但不限于刑事处罚和民事赔偿。