结论：员工持股不超过3年离职后，其持有的股份是否保留，主要取决于公司章程、股东协议或股权激励计划中的具体规定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 公司章程或股东协议有明确规定：

   • 股份保留或回购：如果公司章程或股东协议中明确规定了员工在离职后（无论是否满3年）其持有的股份应如何处理，如由公司回购、转让给其他股东或保留等，那么应按照这些规定执行。例如，有些公司可能规定员工在离职后必须将其持有的股份以一定价格转让给公司或其他股东。
   • 限制条件：这些规定可能还包含一些限制条件，如离职原因（自愿离职、被解雇等）、离职后的竞业限制等，这些条件可能影响股份的处理方式。

2. 股权激励计划有特别约定：

   • 股权激励计划的内容：如果员工是通过股权激励计划获得股份的，那么股权激励计划中通常会包含关于离职后股份处理的特别约定。这些约定可能包括股份的成熟期（即员工需要满足一定条件（如服务年限）后才能完全获得股份的所有权）、离职后股份的回购价格或方式等。
   • 成熟期未满的情况：如果员工在持股不超过3年的情况下离职，且股权激励计划中规定了股份的成熟期，那么员工可能只能获得其已成熟部分的股份，未成熟部分的股份可能由公司回购或作废。

3. 无明确规定或约定的情况：

   • 默认处理方式：如果公司章程、股东协议或股权激励计划中均未对员工离职后股份的处理作出明确规定，那么通常应视为员工仍保留其持有的股份。然而，这种情况下可能引发股东之间的争议，因此最好通过协商或法律途径解决。
   • 法律建议：为了避免争议和纠纷，建议公司在制定公司章程、股东协议或股权激励计划时，明确规定员工离职后股份的处理方式。同时，员工在接受股权激励时，也应仔细阅读相关协议和计划，了解自己的权利和义务。

法律背景与建议：

• 法律背景：员工持股计划通常受到公司法、证券法以及相关法律法规的监管。在处理员工离职后股份的问题时，应确保符合相关法律法规的规定，避免违法违规行为。
• 法律建议：对于公司而言，制定明确的股份处理规定有助于维护公司的稳定和股东的利益；对于员工而言，了解并遵守相关规定是保护自己权益的关键。如果双方在股份处理问题上存在争议，建议通过协商、调解或法律途径解决。

可能后果：

• 如果公司未按照公司章程、股东协议或股权激励计划的规定处理员工离职后的股份，可能面临法律纠纷和声誉损失。
• 如果员工未了解或遵守相关规定而擅自处理股份，可能面临股份被回购、作废或承担法律责任等后果。

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