核心结论：针对交通事故后逃逸且挂靠运输公司所办商业险不赔的情况，可从保险合同条款、挂靠协议约定、逃逸行为性质及法律救济途径等角度综合分析处理。

1. 保险合同条款审查
   首先需核查商业险合同中关于“免责条款”的具体约定。根据《保险法》第十七条，保险人需对免责条款履行明确说明义务，否则该条款不生效。若运输公司投保时，保险公司未对“逃逸行为免赔”条款以书面或口头形式明确说明（如未加粗提示、未单独签署确认书），则该免责条款可能被认定为无效，保险公司仍需承担赔偿责任。
   行动建议：要求运输公司提供投保单、保险条款原件，重点检查免责条款是否以显著方式提示，并核对投保人签字是否真实。

2. 挂靠协议权利义务分析
   若车辆实际所有人与运输公司存在挂靠关系，需审查挂靠协议中关于保险办理、事故责任承担的约定。若协议明确约定“挂靠车辆保险由运输公司统一办理，事故赔偿由实际车主承担”，则保险公司拒赔后，运输公司可能依据协议向实际车主追偿；但若协议未约定逃逸情形下的责任分配，或运输公司存在过错（如未如实告知车辆使用性质导致费率调整），则运输公司可能需承担部分责任。
   行动建议：调取挂靠协议原件，分析协议条款是否覆盖逃逸情形，并评估运输公司是否存在管理疏漏。

3. 逃逸行为法律定性
   根据《道路交通安全法》第九十九条，交通肇事逃逸需承担行政责任（如罚款、拘留）；若构成犯罪（如逃逸致人死亡），还需承担刑事责任。但商业险拒赔的核心在于逃逸行为是否导致“保险标的危险程度显著增加”或“违反法律强制性规定”。若逃逸行为直接导致事故责任无法认定或损失扩大，保险公司可依据《保险法》第五十二条主张免赔；但若逃逸与事故发生无因果关系（如事故已发生后逃逸），则保险公司拒赔可能缺乏依据。
   行动建议：收集事故现场证据（如监控、证人证言），证明逃逸行为与事故损失的关联性，必要时申请司法鉴定。

4. 法律救济途径
   若保险公司拒赔理由不充分，可通过以下途径维权：

   • 协商调解：向当地保险行业协会申请调解，要求保险公司重新核定赔付；
     
   • 行政投诉：向银保监会（现国家金融监督管理总局）投诉保险公司违规拒赔；
     
   • 诉讼仲裁：以运输公司或实际车主为原告，起诉保险公司要求支付保险金，同时可主张运输公司承担连带责任（依据挂靠协议）。
     行动建议：优先通过调解或投诉解决，若无效则及时委托律师起草诉状，注意诉讼时效为三年（自知道或应当知道权利受损之日起算）。

风险提示：若逃逸行为被认定为故意，可能涉及保险诈骗刑事风险，需谨慎处理。建议立即固定证据，并咨询专业律师制定综合维权方案。