单位与员工签订的福利房限制性协议是否有效，需结合协议内容、签订程序及法律规定综合判断，具体结论如下：

1. 协议内容合法且不违反公序良俗时，通常有效
   若协议仅对福利房的使用条件（如居住期限、离职后返还等）作出合理限制，且未违反《民法典》第143条（民事法律行为有效要件：行为人具有相应能力、意思表示真实、不违法违规），则协议具有法律效力。例如，单位规定员工离职后需腾退房屋，属于对自身财产的合理处置，法院一般支持。

2. 协议内容违法或显失公平时，可能被认定无效或部分无效

   • 违反强制性规定：若协议要求员工长期（如超过20年）无偿居住，或约定“永久使用权”但未办理产权变更，可能因违反《民法典》物权编规定（如租赁期限不得超过20年）被认定无效。
     
   • 显失公平：若单位利用优势地位要求员工承担不合理义务（如支付远高于市场价的租金），员工可依据《民法典》第151条主张撤销协议。
     
   • 侵犯基本权利：协议若限制员工结婚、生育等基本权利，或以“不结婚则收回房屋”等条件相胁迫，可能因违反公序良俗被认定无效。

3. 程序瑕疵可能导致协议效力存疑
   若协议签订时单位未履行民主程序（如未经职工代表大会讨论），或未向员工明确说明关键条款（如隐藏“离职即收回”条款），员工可主张程序违法，要求撤销或变更协议。

建议：

• 单位应确保协议内容合法、条款明确，避免设置不合理条件；
  
• 员工签订前需仔细审查条款，必要时要求单位解释或修改；
  
• 争议发生时，可依据协议内容、签订程序及法律规定，通过协商、调解或诉讼解决。
  

如有具体协议条款或争议细节，可进一步向我咨询。