国庆节假期间旷工三天，公司按自离处理是否合法，需分情况讨论：
公司规章制度有明确规定且合法有效：
- 如果公司规章制度中明确规定了旷工三天即视为自动离职（或按自离处理），并且该规章制度已经依法向员工公示，员工也已知悉并确认，同时该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定处理可能是合法的。但即便如此，公司仍需按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，向员工出具解除或终止劳动合同的证明。这是公司的法定义务，不能因员工旷工而免除。
公司规章制度无明确规定或规定违法：
- 如果公司规章制度中没有明确规定旷工三天即视为自动离职，或者该规定未经员工确认、未向员工公示，或者该规定违反了法律法规的强制性规定（如剥夺了员工的合法权益），那么公司按照自离处理就是不合法的。在这种情况下，员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
国庆节假期期间的特殊性：
- 国庆节假期是法定节假日，员工在此期间享有休息的权利。如果员工在国庆节假期期间“旷工”，实际上可能是对假期安排的理解有误或存在其他特殊情况。公司应当首先与员工进行沟通，了解原因并尝试协商解决，而不是直接按自离处理。
法律建议：
- 对于员工：如果公司以旷工三天为由按自离处理，且未出具解除或终止劳动合同的证明，员工可以先与公司进行协商，要求公司出具证明并支付应得的工资和补偿。如果协商不成，员工可以向当地劳动仲裁部门申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：公司应当制定合法有效的规章制度，并依法向员工公示和确认。在处理员工旷工等问题时，应当遵循法律法规的规定，确保处理程序的合法性和公正性。同时，公司也应当加强与员工的沟通和协商，尽量通过和平方式解决纠纷。
可能后果：
- 如果公司违法解除劳动合同，可能需要支付赔偿金给员工。
- 如果员工因此遭受了其他损失（如工资未支付、社会保险未缴纳等），也可以要求公司进行赔偿。
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