怀孕后自离公司，一般情况下公司不应扣工资，但具体情形需具体分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、不应扣工资的情况
正常自离且未造成损失：
- 如果孕妇因个人原因选择自离，但已经按照公司规定或劳动合同中的约定，提前通知了公司（尽管是自离，但若未违反提前通知的强制性规定），且自离行为未给公司造成实际经济损失，那么公司无权扣发其工资。工资的支付应依据员工的实际工作情况，如考勤、工作成果等。
公司存在过错：
- 若公司在孕妇工作期间存在未提供约定劳动保护、未及时支付工资、未缴纳社会保险费等过错行为，孕妇有权随时解除劳动合同，且公司不仅不能扣钱，还需支付相应工资及经济补偿。
二、可能扣工资的情况
给公司造成实际经济损失：
- 如果孕妇的自离行为导致工作无法正常交接，影响了公司的生产经营等，给公司造成了实际经济损失，公司可以要求孕妇赔偿相应的直接经济损失。但赔偿需通过合法途径进行，公司需承担举证责任，证明损失的存在及具体数额。同时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反公司规定或未提前通知：
- 如果孕妇的自离行为违反了公司规定或劳动合同中的约定（如未提前通知公司），且给公司造成了损失，公司可能会要求孕妇赔偿。但同样，这种赔偿不能以扣工资的名义随意进行，需要有明确的证据和合理的计算依据。
三、建议与注意事项
沟通协商：
- 在自离的情况下，孕妇应与公司进行充分沟通和协商，说明自离原因，尽量减少对公司的影响，并明确双方的权利和义务。这有助于避免不必要的纠纷和损失。
保留证据：
- 无论是孕妇还是公司，在处理自离相关事宜时，都应保留好相关证据，如自离通知、沟通记录、损失证明等。这些证据在发生争议时将起到关键作用，有助于维护各自的合法权益。
了解法律程序：
- 孕妇和公司都应熟悉《劳动合同法》及相关法律法规的规定，确保在处理自离问题时能够依法依规进行。这有助于避免违法行为的发生，减少不必要的法律风险。
总结来说，怀孕后自离公司，一般情况下公司不应扣工资。但具体是否扣工资及赔偿损失需根据自离的具体情况、是否给公司造成损失以及法律程序来判断。如果孕妇或公司对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。