结论：执业药师注册在总公司后，一般不能直接在分公司执业，需根据具体情况进行注册变更或多点执业备案。

分析：

1. 执业药师注册规定：

   • 根据相关执业药师注册管理规定，执业药师应当在其注册的执业单位（即注册的药店或医疗机构）内执业。这意味着，如果执业药师的注册单位是总公司，那么其执业范围原则上应限于总公司内部。

2. 分公司与总公司的关系：

   • 分公司是总公司的分支机构，虽然法律上可能视为同一法人实体的一部分，但在执业监管层面，分公司通常被视为独立的执业单位。因此，执业药师在总公司的注册并不自动赋予其在分公司执业的权利。

3. 多点执业或注册变更的可能性：

   • 多点执业：部分地区可能允许执业药师在多个执业单位注册（即多点执业），但这需要符合当地药品监管部门的具体规定，并办理相应的备案手续，并非所有地区都允许执业药师多点执业。
   • 注册变更：如果执业药师希望在分公司执业，更稳妥的做法是向药品监管部门申请注册变更，将执业单位从总公司变更为分公司。这样，执业药师就能合法地在分公司执业。

4. 法律后果：

   • 如果执业药师未按照规定办理注册变更或多点执业备案，而在分公司执业，可能面临药品监管部门的处罚，包括但不限于警告、罚款、吊销执业证书等。

建议：

• 核实当地规定：首先，应核实当地药品监管部门关于执业药师注册和执业的具体规定，了解是否允许多点执业以及注册变更的具体流程。
• 办理相关手续：如果当地规定允许且条件符合，应及时办理多点执业备案或注册变更手续，以确保执业的合法性。
• 咨询专业机构：在办理过程中，如有疑问或遇到困难，可咨询当地药品监管部门或专业法律服务机构，以获取更准确的指导和帮助。

后续行动：

• 如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。