在职期间，劳动者完全有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益，只要认为自己与用人单位之间存在劳动争议。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律支持
劳动仲裁是解决劳动者与用人单位之间因劳动关系产生的争议的一种法定方式。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，无论是因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同，还是因除名、辞退、辞职、离职，或是工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护以及劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等方面发生的争议，劳动者都有权在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内，向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提出书面仲裁申请。
二、在职期间申请劳动仲裁的情况
劳动关系未解除：
- 当劳动者与用人单位之间的劳动关系仍然存续，且双方没有达成停止工作的协议时，劳动者应当按照正常的工作安排继续上班，并有权申请劳动仲裁。例如，劳动者因用人单位未及时足额支付劳动报酬而申请劳动仲裁，但并未提出解除劳动合同，此时劳动者需继续履行劳动义务，同时申请劳动仲裁以维护自己的权益。
仲裁请求不涉及解除劳动关系：
- 当劳动者的仲裁请求是要求支付加班费、奖金、未签订书面劳动合同的双倍工资差额等，且不涉及解除劳动关系时，劳动者一般可以继续上班，并申请劳动仲裁。这种情况下，劳动仲裁主要是为了解决具体的劳动争议，而不影响劳动关系的存续。
三、注意事项
证据收集：
- 在决定申请劳动仲裁前，劳动者需要收集和保存好所有相关证据，包括但不限于劳动合同、工资条、考勤记录等，这些都将作为支持自己仲裁请求的重要依据。
仲裁请求明确：
- 劳动者在提交仲裁申请时，需明确自己的仲裁请求，即希望通过仲裁达到的具体结果，如要求公司支付拖欠的工资、补缴社会保险等。
时效限制：
- 劳动仲裁具有时效限制，通常是在权益受侵害之日起一年内提出。因此，劳动者应及时咨询并了解具体的法律规定和程序要求，以确保自己的权益得到有效且及时的保护。
与用人单位的关系：
- 在职期间提起仲裁可能会与用人单位产生紧张关系。因此，劳动者在申请劳动仲裁前，应综合考虑自身职业发展等多方面因素，并妥善处理与用人单位的关系。
总结来看，劳动者在职期间若遇到劳动争议，完全可以通过劳动仲裁这一法律途径来维护自己的合法权益。但在行使这一权利时，也应注意相关的法律程序和时限要求，并妥善保留证据以支持自己的主张。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。