协商解除证明合同上写着一式两份但只签了一份，该合同在特定条件下仍然有效。以下是对此问题的详细分析：

合同生效的基本条件

1. 意思表示真实：合同双方必须基于真实的意思表示签订合同，即合同内容是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等情形。
2. 内容合法：合同内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体、第三人的利益。
3. 形式合法：虽然合同形式并非所有合同生效的必要条件，但某些特定类型的合同（如涉及不动产转让的合同）可能需要满足特定的形式要求（如书面形式、登记等）。对于一般的协商解除证明合同，书面形式通常是推荐的做法，但并非绝对必要，除非法律或双方约定有特别要求。

只签一份合同的影响

1. 证据效力：从证据的角度来看，如果合同只签了一份并由一方保管，那么在发生争议时，另一方可能难以证明合同的存在及其内容。这可能会给另一方带来举证上的困难。然而，这并不意味着合同本身无效，只是可能影响其作为证据的效力。
2. 合同实际履行：如果双方已经按照合同内容实际履行了各自的义务，那么即使合同只签了一份，也可以视为双方对合同内容的认可和接受。在这种情况下，合同仍然具有法律效力。
3. 补签或确认：为了增强合同的证据效力和避免潜在的争议，双方可以考虑补签一份合同或者通过其他方式（如书面确认函、电子邮件等）确认合同的内容和效力。

法律建议

1. 尽量签订两份合同：为了避免潜在的争议和举证困难，建议双方在签订协商解除证明合同时尽量签订两份，并各自保留一份原件。
2. 保留相关证据：如果确实只能签订一份合同，那么双方应妥善保管该合同原件，并保留与合同履行相关的其他证据（如付款凭证、交接单等），以备不时之需。
3. 及时咨询律师：如果在合同签订或履行过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。

总结来看，协商解除证明合同上写着一式两份但只签了一份，并不直接导致合同无效。合同的有效性主要取决于双方的意思表示是否真实、内容是否合法以及是否满足特定的形式要求（如果有的话）。然而，为了增强合同的证据效力和避免潜在的争议，建议双方尽量签订两份合同并各自保留一份原件。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。