超市对员工进行罚款是不合法的行为。以下是对此问题的详细分析：
一、罚款权的归属
罚款是行政处罚的一种形式。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，罚款权只能由国家行政管理机关或法律授权的机构在法定职权范围内依照法定程序实施。超市作为企业，并不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。
二、企业规章制度的合法性
虽然用人单位有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须严格遵守法律法规的强制性规定。如果规章制度中包含了罚款等行政处罚内容，那么这些条款将因违法而无效。员工有权拒绝遵守这些违法的规章制度。
三、员工权益的保障与救济途径
当员工面临超市的不合理罚款时，他们有多种途径来维护自己的合法权益：
- 沟通协商：员工可以首先尝试与超市管理层进行沟通协商，寻求解决方案。
- 投诉与仲裁：如果协商不成，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 赔偿要求：如果因为超市的违法罚款行为给员工造成了损害，超市还应当承担相应的赔偿责任。
四、合法管理员工的建议
为了合法合规地管理员工，超市应当采取以下措施：
- 制定合法规章制度：超市应制定合法的规章制度，明确员工的权利和义务，以及违规行为的处理程序和标准。这些规章制度应经过职工代表大会或全体职工的讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表平等协商确定。
- 采取合法管理措施：对于员工的违规行为，超市可以采取合法的内部管理措施进行处理，如警告、记过、降级、调岗、解除劳动合同等，但不得采取罚款的方式。
- 确保规章制度公示或告知：超市在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应确保内容的合法性，并进行公示或告知员工，以便员工了解并遵守。
五、法律依据
- 《中华人民共和国行政处罚法》：明确了罚款是行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关依法实施。
- 《中华人民共和国劳动合同法》：规定了用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者的合法权益；同时，也规定了规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
综上所述，超市对员工进行罚款是违法的行为。超市应当依法经营，通过合法合规的手段来管理员工，确保企业的稳定发展和员工的合法权益得到保障。