违反治安管理处罚法第九十九规定超期限办案和超时效作出的行政处罚，是否构成程序违法，需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与规定
《中华人民共和国治安管理处罚法》第九十九条规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。同时，为了查明案情进行鉴定的期间，不计入办理治安案件的期限。这是关于治安案件办案期限的法定要求，旨在确保公安机关高效、公正地处理治安案件。
二、超期限办案与超时效处罚的合法性分析
无正当理由超期：
- 如果公安机关无正当理由超出上述规定的办案期限作出治安处罚决定，这通常被视为违反法定程序。因为超期办案可能影响了案件的公正处理，对行政相对人的权益产生了不利影响。
- 在此情况下，行政相对人有权依法采取相应的救济措施，如在行政复议中主张撤销治安处罚决定，或在行政诉讼中请求法院确认该处罚决定违法或予以撤销。
存在合理情形超期：
- 并非所有超期办案都构成程序违法。例如，当违反治安管理行为人在逃，导致无法及时查清案件事实、收集足够证据时，这种超期通常不被视为程序违法。
- 因为超期的原因是由于客观情况（如行为人逃跑）所致，而非公安机关的主观过错。此外，《公安机关执行〈中华人民共和国治安管理处罚法〉有关问题的解释》第十二条也明确规定，因客观原因造成案件不能在法定期限内办结的，公安机关不能因已超过法定办案期限就不再调查取证和作出处理决定。
三、法律后果与救济途径
- 法律后果：如果超期是由于公安机关的主观过错或无正当理由导致的，那么可能构成程序违法，相关处罚决定可能面临被撤销或确认违法的风险。
- 救济途径：当事人对公安机关的办案期限有异议的，可向上级机关投诉或寻求法律途径解决，如申请行政复议或提起行政诉讼。
四、建议与注意事项
- 公安机关：应严格遵守法定办案期限，确保案件及时、公正处理。如因客观原因无法按时办结，应及时向上级机关报告并说明情况。
- 行政相对人：如认为公安机关的办案期限存在问题，可及时向上级机关投诉或寻求法律帮助。在维护自身权益的同时，也应尊重公安机关的执法工作，配合调查取证。
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