项目经理证书未注册至公司，公司以此为由辞退员工是否合法，需分情况讨论：
一、若公司规章制度或劳动合同中有明确规定
规定合法且合理：
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定，项目经理必须持有相应证书且该证书需注册在公司名下，否则公司有权解除劳动合同，且该规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平的情形，那么公司以此为由辞退员工可能是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但前提是规章制度必须合法有效，且已向劳动者公示或告知。
规定不合法或不合理：
- 若公司规章制度或劳动合同中的相关规定违反了法律法规的强制性规定，或者存在显失公平的情形（如要求员工在极短时间内完成证书注册，否则即辞退），那么公司以此为由辞退员工可能是不合法的。
- 法律后果：员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
二、若公司规章制度或劳动合同中无明确规定
公司无权单方面辞退：
- 若公司规章制度或劳动合同中并未明确规定项目经理证书必须注册在公司名下，否则公司有权解除劳动合同，那么公司以此为由辞退员工可能是不合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同必须有合法的理由，并遵循法定的程序。若公司无合法理由单方面辞退员工，员工有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
员工可主张权益：
- 在此情况下，员工可以主张公司违法解除劳动合同，并要求公司支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍。
- 经济补偿金计算：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、实际操作建议
核查公司规章制度和劳动合同：
- 员工应首先核查公司的规章制度和劳动合同，看是否有关于项目经理证书注册的相关规定。
与公司协商：
- 若发现公司规章制度或劳动合同中存在不合理或违法的规定，员工可以与公司进行协商，要求公司修改规定或给予合理的宽限期。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼。
总结与建议：项目经理证书未注册至公司，公司以此为由辞退员工是否合法，需根据公司的规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。若公司规章制度或劳动合同中有明确规定且合法合理，公司辞退员工可能是合法的；若无明确规定或规定不合法不合理，公司辞退员工则可能是不合法的。在此情况下，员工应核查相关规定，与公司协商，并在必要时申请劳动仲裁或提起诉讼以维护自己的合法权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。