公司不能以交接不清楚为由不开离职证明。以下从法律义务、法律风险及合规建议三个角度进行详细分析：

一、法律义务：出具离职证明是公司的法定义务

根据《劳动合同法》第五十条的规定：“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”这一条款明确规定了公司出具离职证明的法定义务，且该义务的履行并不以劳动者完成工作交接为前提条件。因此，即使劳动者未办理工作交接，公司仍应当依法出具离职证明。

二、法律风险：公司拒绝出具离职证明可能面临的法律后果

1. 行政处罚风险： 根据《劳动合同法》第八十九条的规定：“用人单位未向劳动者出具解除或终止劳动合同证明的，由劳动行政部门责令改正。”这意味着，如果公司拒绝出具离职证明，可能面临劳动行政部门的行政处罚。

2. 经济赔偿风险： 更为严重的是，如果因公司未出具离职证明导致劳动者无法就业，公司还需要赔偿劳动者由此造成的经济损失。这种赔偿可能包括劳动者因无法入职新单位而损失的工资收入、劳动者其他可预见的经济损失等。在司法实践中，已有多个案例支持劳动者因公司未出具离职证明而要求赔偿的诉求。

三、合规建议：公司应如何规范处理离职交接与离职证明出具问题

1. 并行处理： 公司应明确工作交接、离职审批等流程与时间节点，避免因流程不规范、拖延办理离职手续引发纠纷。出具离职证明与社保减员系公司法定义务，即便劳动者存在未完成工作交接等情况，公司也不得以之为由拒绝出具离职证明、办理社会保险减员手续。如因劳动者未及时交接给公司造成损失的，公司可以通过法律途径追究劳动者对应责任。

2. 完善制度设计： 公司可以在劳动合同和规章制度中明确工作交接的具体流程和要求、未完成工作交接的责任承担方式等。例如，可以约定在完成交接工作后支付经济补偿金等，以激励劳动者按时完成工作交接。

3. 损失赔偿的追索： 如果员工未办理工作交接给公司造成实际损失，公司可以收集证据证明实际损失的存在，并通过法律途径（如提起民事诉讼）主张赔偿。

总结与建议：

公司不能以交接不清楚为由不开离职证明。出具离职证明是公司的法定义务，且该义务的履行并不以劳动者完成工作交接为前提条件。如果公司拒绝出具离职证明，可能面临行政处罚和经济赔偿的法律风险。因此，建议公司规范处理离职交接与离职证明出具问题，并行处理相关工作，完善制度设计，并在必要时通过法律途径追索损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。