针对您提出的“检察院自侦的案件如果发现是事实不清的话应该怎么处理”这一问题，我将结合相关法律法规及实践操作，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，检察院在自侦案件中，如果发现案件事实不清、证据不足，其处理方式会依据案件所处的不同阶段而有所区别。
一、审查逮捕阶段
在审查逮捕阶段，如果检察院认为案件事实不清、证据不足，不符合逮捕条件，那么检察院会依法作出不批准逮捕的决定。这是检察院对逮捕条件进行严格审查后的结果，旨在保障犯罪嫌疑人的合法权益，防止错误逮捕。如果公安机关对此有异议，可以要求复议，甚至向上一级检察院申请复核，但最终决定权仍在检察院。
二、审查起诉阶段
进入审查起诉阶段后，如果检察院认为案件事实不清、证据不足，它有两种处理方式：
退回补充侦查：检察院可以将案件退回给公安机关或其他侦查机关，要求其补充侦查，以完善证据链。补充侦查的次数以二次为限，每次补充侦查的期限为一个月。
自行侦查：在必要时，检察院也可以自行进行侦查，以获取更多证据。这体现了检察院在刑事诉讼中的主动性和独立性。
如果经过二次补充侦查后，案件事实仍然不清、证据仍然不足，那么检察院应当依法作出不起诉的决定。这是检察院对案件质量进行严格把关的体现，旨在防止错误起诉，保障司法公正。
三、法院审判阶段
如果案件被起诉至法院，而法院在审理过程中认为证据不足，不能认定被告人有罪，那么法院应当依法作出无罪判决。这是法院对案件事实进行独立、公正判断的结果，也是刑事诉讼中“无罪推定”原则的具体体现。
总结与建议
综上所述，检察院在自侦案件中如果发现事实不清、证据不足，会根据案件所处的不同阶段采取不同的处理方式。在审查逮捕阶段会作出不批准逮捕的决定；在审查起诉阶段会退回补充侦查或自行侦查，并在必要时作出不起诉的决定；在法院审判阶段，如果证据不足，法院会作出无罪判决。
对于此类情况，我建议您如果涉及具体案件，应及时与承办案件的检察院或法院沟通，了解案件进展及处理意见。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。希望这些解答能对您有所帮助。