结论：在工资由第三方代发的情况下，能否开具总合同价发票需分情况讨论，具体取决于合同履行主体、资金流向及税务合规要求。以下是详细分析：

1. 合同主体与履行方一致时

若合同明确约定甲方为付款义务方，但实际通过第三方代发工资（如甲方委托银行或人力资源公司代付），且第三方仅作为资金通道，合同价款总额仍可由甲方统一开具发票。
关键点：

• 合同需明确“第三方代发”仅为支付方式，不影响甲方作为合同相对方的义务；
  
• 发票内容应与合同标的（如服务费、劳务费）一致，避免虚开风险；
  
• 需保留第三方代发的委托协议、付款凭证等材料，以备税务核查。

2. 合同主体与履行方分离时

若第三方不仅是代发方，还实际承担了部分合同义务（如提供劳务、管理服务），则需区分处理：

• 情况一：若合同总价包含第三方服务费，且甲方要求统一开票，需确保：
  
  • 合同中明确约定“总价包含第三方服务费”；
    
  • 第三方同意由甲方代开发票（需签订三方协议）；
    
  • 甲方需按实际支付给第三方的金额，代扣代缴相关税费（如增值税、企业所得税）。
    
• 情况二：若第三方独立与甲方结算服务费，则应由第三方自行开具发票，您作为合同相对方仅就自身提供部分开票。
  风险点：若强行由甲方开具总价发票，可能被认定为“虚开发票”或“未如实申报”，面临税务处罚。

3. 税务合规建议

• 明确合同条款：在合同中约定“付款方式为第三方代发，但发票由甲方统一开具”，并附上第三方代发授权书；
  
• 资金流与发票流一致：确保甲方支付至第三方的款项，与发票金额、合同条款匹配；
  
• 避免“三流不一致”：即合同签订方、资金支付方、发票开具方需保持一致，否则可能被税务机关质疑。

4. 特殊行业注意

若涉及建筑、劳务派遣等行业，需遵守额外规定：

• 建筑行业：总包方可通过农民工工资专用账户代发工资，但需按项目实际成本开票；
  
• 劳务派遣：派遣单位需就收取的劳务费开具发票，用工单位不得要求总包方开具总价发票。

总结：能否开具总合同价发票，需结合合同约定、资金流向及行业规范综合判断。建议提前与甲方、第三方沟通，明确开票主体及金额，并留存书面协议，以降低税务风险。如有具体合同条款或行业背景，可进一步提供细节，我将为您定制合规方案。