公司要求怀孕员工停薪留职，除非是基于双方自愿协商一致且达成书面协议，否则一般是不合法的。这一结论主要基于以下几点法律分析：

法律法规依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第二十九条：该条款明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同。这是为了保护女性员工在特殊生理时期的合法权益，避免因其生理特点而遭受不公正的待遇。

2. 《女职工劳动保护特别规定》第五条：此规定进一步强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这确保了怀孕女职工在职场上的稳定性和经济权益，防止她们因生育而面临职业和经济上的双重压力。

停薪留职的本质与风险

停薪留职本质上意味着员工停止工作，用人单位停止支付工资，但保留职位。对于怀孕女职工而言，这种安排实际上损害了她们获得劳动报酬的基本权利。怀孕女职工有权在遵守正常工作制度和履行工作职责的前提下，享受与正常工作时相同的工资待遇。因此，公司单方面要求怀孕员工停薪留职，很可能构成违法行为。

特殊情况下的合法性

如果怀孕女职工因身体等特殊原因，主动向公司提出停薪留职申请，并且双方经过协商一致后达成书面协议，这种情况下是合法有效的。但关键在于必须是女职工自愿主动提出，而非公司强制要求。如果公司未经女职工同意，擅自安排停薪留职，则构成违法行为。

法律救济途径

若公司强制要求怀孕员工停薪留职，员工有权采取以下法律救济途径：

1. 向劳动监察部门投诉：员工可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为，要求劳动监察部门介入调查，并责令公司纠正违法行为。

2. 申请劳动仲裁：员工还可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，主张恢复劳动关系，并要求公司支付停薪期间的工资损失及其他相关赔偿。劳动仲裁机构将依法进行裁决，保护员工的合法权益。

实际建议

面对公司要求怀孕员工停薪留职的情况，我建议员工首先明确自己的法律权益，并与公司进行沟通协商。如果无法达成一致，应及时寻求专业的法律帮助，比如直接向我咨询，以确保自己的合法权益得到有效维护。同时，也提醒公司应遵守相关法律法规，尊重和保护女性员工的合法权益，避免因违法行为而面临法律责任。