关于实习生的加班工资计算问题，这确实是一个涉及多方面法律知识和实际操作细节的话题。下面，我将结合相关法律法规和实际操作，为您详细解答。
一、实习协议与劳动关系认定
首先，我们需要明确实习生与实习单位之间的关系性质，这通常取决于实习协议的内容以及双方的实际行为。
实习协议有约定：
- 如果实习协议中明确规定了加班及加班报酬，那么双方应严格按照协议执行。这种情况下，加班工资的计算和支付都有明确的依据。
实习协议无约定：
- 劳务关系：对于在校实习生，他们通常不具备劳动者主体资格，因此与实习单位之间构成的是劳务关系。在这种情况下，如果实习协议中没有约定加班报酬，实习生要求支付加班工资可能缺乏直接的法律依据。不过，实习单位出于公平和人文关怀的考虑，可能会给予实习生适当的补贴或补偿。
- 劳动关系：如果实习生符合特定条件（如已毕业但未就业、以就业为目的进行实习等），他们可能被认定为与实习单位建立了劳动关系。在这种情况下，实习生的加班就适用劳动法律法规，加班工资的计算和支付就需要严格按照劳动法规定进行。
二、加班时间认定与加班费计算（在劳动关系下）
如果实习生被认定为与实习单位建立了劳动关系，那么他们的加班工资计算就需要遵循《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定。
工作日加班费：
- 加班时间超出每日8小时或每周44小时的部分，视为加班。
- 计算方式：月工资÷21.75（月计薪天数）÷8（小时）×加班小时数×150%。
休息日加班费：
- 休息日安排工作且不能补休的，应支付加班费。
- 计算方式：月工资÷21.75÷8×加班小时数×200%。
- 如果后续安排了补休，那么可以不支付加班费。
法定节假日加班费：
- 法定节假日安排工作的，应支付加班费。
- 计算方式：月工资÷21.75÷8×加班小时数×300%。
三、其他注意事项
工资基数：
- 加班工资基数应以劳动合同或集体合同约定的工资标准为准。如果未约定，则按劳动者正常劳动应得工资确定。
最低工资标准：
- 实习生的工资不得低于当地最低工资标准，这是法律的强制性规定。无论实习生与实习单位之间构成的是劳务关系还是劳动关系，这一点都必须得到遵守。
加班限制：
- 每日加班不得超过1小时，特殊情况下不得超过3小时，每月累计不得超过36小时。超出这个限制就是违法的。
协商与约定：
- 虽然法律有明确规定，但具体支付情况仍可能受实习生与实习单位之间协商和约定的影响。因此，建议双方在签订实习协议时，就加班工资事宜进行明确约定。
四、维权途径
如果实习生认为自己的加班工资未得到合理支付，他们可以先与实习单位进行协商。如果协商不成，他们可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，实习生的加班工资计算问题涉及多个方面，包括实习协议的约定、劳动关系的认定、加班时间的认定与加班费的计算、工资基数的确定、最低工资标准的遵守、加班时间的限制以及维权途径等。在实际操作中，应综合考虑这些因素，确保实习生的合法权益得到充分保障。