公司制度手册中关于加班调休的规定是否合法，需结合具体情况判断，但总体原则是：在符合法律法规的前提下，加班调休是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规依据
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
该条款明确规定了，在休息日安排劳动者工作且不能安排补休的情况下，应支付加班费。但并未禁止在休息日加班后安排调休，反而隐含了如果可能应安排调休的意思。对于工作日加班，虽然主要规定了支付加班费，但并未排除调休的可能性，只是强调了应支付加班费并尽可能安排补休（需员工同意）。
- 加班时间的限制：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
这意味着，即使公司制度手册中规定了加班调休，也不能违反关于加班时间的限制。
二、加班调休的合法性分析
休息日加班调休：
- 在休息日（如周末）安排劳动者工作，如果不能安排补休，则应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。但法律并未禁止在休息日加班后安排调休，因此，如果公司制度手册中规定休息日加班可以调休，且调休安排合理、不违反法律法规，则是合法的。
工作日加班调休：
- 在工作日安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。虽然法律主要规定了支付加班费，但并未排除调休的可能性。如果公司制度手册中规定工作日加班可以调休，且调休是经过员工同意的，并且不违反关于加班时间的限制，那么这种调休安排也是合法的。但需要注意的是，工作日加班调休不是法定的义务，而是需要双方协商一致。
三、公司制度手册的合规性建议
明确调休条件：
- 公司制度手册中应明确调休的条件，如加班时长、调休时间安排等，确保调休安排合理、可行。
尊重员工意愿：
- 在安排调休时，应尊重员工的意愿，不得强迫或变相强迫员工接受调休安排。
遵守法律法规：
- 公司制度手册中的调休规定应遵守国家法律法规，不得违反关于加班时间、加班费支付等规定。
四、法律后果
如果公司制度手册中的加班调休规定违反了法律法规，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付加班费或纠正不合法的调休安排。
总结来看：公司制度手册中关于加班调休的规定，在符合法律法规、尊重员工意愿、明确调休条件的前提下，是合法的。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。