工程款未付清的情况下，是否能有结算证明，需分情况讨论：

1. 已达成结算协议但未付清款项：

   • 若双方已就工程款金额、支付方式等核心条款达成书面结算协议，即使款项未全额支付，该结算文件仍具有法律效力。例如，承包方与发包方签署《工程结算确认书》，明确总价款为500万元，已支付300万元，剩余200万元未付。此时，结算证明已成立，未付部分可通过法律途径追偿。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。结算协议作为双方真实意思表示，对未付部分仍具有约束力。

2. 未达成结算协议且款项未付清：

   • 若双方未就工程款金额达成一致，或未签署任何结算文件，则无法直接出具结算证明。此时，需通过协商、第三方审计或诉讼确定工程款金额。例如，承包方主张工程款为600万元，但发包方认为仅400万元，双方争议未决，则需通过司法鉴定或诉讼解决。
   • 法律建议：在此情况下，建议承包方及时固定证据（如施工记录、签证单、往来函件等），并委托专业机构进行造价鉴定，以支持其主张。

3. 结算证明的形式与效力：

   • 结算证明可以是书面协议、会议纪要、往来函件等书面形式，也可以是双方认可的口头约定（但需其他证据佐证）。例如，双方通过邮件确认工程款金额，或会议中形成书面纪要并签字，均可视为结算证明。
   • 法律效力：根据《民法典》第四百六十九条，书面形式是合同成立的主要方式。结算证明作为合同的一部分，对双方具有法律约束力。

4. 未付清款项的法律后果：

   • 若结算证明已成立，但发包方未按约定支付款项，承包方有权要求其支付剩余工程款及逾期利息。例如，结算协议约定发包方应于2023年12月31日前支付剩余200万元，但发包方未支付，则承包方可主张自2024年1月1日起的逾期利息（按LPR计算）。
   • 法律救济：承包方可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式追偿。若发包方拒不支付，承包方可申请法院强制执行其财产。

总结与建议：

• 若双方已签署结算协议，即使款项未付清，结算证明仍有效，承包方可据此追偿。
• 若未签署结算协议，需通过协商、审计或诉讼确定工程款金额，再主张权利。
• 建议承包方在施工过程中及时固定证据，避免因证据不足导致结算争议。
• 若遇到工程款纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业法律建议。