核心结论：被告人持有二级精神残疾证但拒绝刑事责任能力鉴定时，法院可通过强制鉴定、综合证据认定或直接审理等方式处理，具体需结合案件事实和法律程序。以下是详细分析：

1. 法院可依法强制进行刑事责任能力鉴定

根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，法院对可能影响定罪量刑的专门性问题（如刑事责任能力）有权委托鉴定机构进行鉴定。若被告人拒绝配合，法院可采取以下措施：

• 强制鉴定程序：通过司法机关（如法院、检察院）委托有资质的鉴定机构，要求被告人到指定场所接受鉴定。若被告人仍拒绝，可由鉴定人员在其配合程度范围内完成必要检查（如精神状况观察、病历审查等），并结合其他证据综合判断。
• 法律后果告知：法院应向被告人及其法定代理人、辩护人释明拒绝鉴定的法律后果（如可能承担不利诉讼结果），并记录在案。

2. 综合其他证据认定刑事责任能力

若强制鉴定无法实施或结果不明确，法院可依据以下证据综合判断：

• 既往诊断记录：二级精神残疾证本身可作为初步证据，但需结合发证时间、治疗情况等判断其与案发时的关联性。
• 证人证言：如家属、邻居等对被告人日常行为、精神状态的描述。
• 案发时表现：被告人作案时的动机、手段、事后态度等（如是否具有计划性、是否逃避抓捕）。
• 专家辅助人意见：法院可依职权或申请，通知有专门知识的人出庭对精神状况发表意见。

法律依据：
《刑事诉讼法》第148条：对专门性问题需要鉴定的，应当指派、聘请有专门知识的人进行。
《关于办理刑事案件严格排除非法证据若干问题的规定》第34条：被告人拒绝配合鉴定，但其他证据足以证明其刑事责任能力的，可依法认定。

3. 直接审理并依法裁判

若经上述程序仍无法明确刑事责任能力，法院应：

• 假设被告人具有完全刑事责任能力：除非有充分证据证明其作案时处于无或限制责任能力状态。
• 依法定罪量刑：根据查明的事实和证据，按照刑法规定判决，并在裁判文书中说明未鉴定或鉴定不能的原因。

风险提示：
被告人拒绝鉴定可能导致法院对其责任能力作出不利推定，但最终仍需以证据为基础。辩护方应积极提交精神状况证据（如治疗记录、证人证言），避免单纯依赖残疾证。

4. 特殊情形：法定代理人或辩护人的权利

若被告人为无或限制民事行为能力人，其法定代理人可代为申请鉴定或提交证据。辩护人也可独立提出鉴定申请，法院应予审查。

建议：

1. 辩护方应尽早向法院提交书面鉴定申请，并附相关证据（如残疾证、治疗记录）。
   
2. 若被告人拒绝配合，可申请法院通过强制措施完成鉴定，或通过其他证据链证明其责任能力状态。
   
3. 关注鉴定机构的资质和程序合法性，避免因鉴定瑕疵影响案件结果。

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。