在对方主张已还款但原告仍持有借条的情况下，法院判决会依据双方提供的证据及法律规定进行综合判定。

一. 证据审查

1. 借条的效力：原告持有的借条是证明借贷关系存在的重要证据。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，借条作为书证，具有较高的证明力。除非有相反证据足以推翻，否则法院通常会认可其效力。
2. 被告的还款主张：被告主张已还款，应提供相应的证据支持，如转账记录、收据、证人证言等。若被告无法提供有效证据或证据不足以证明其主张，法院将难以支持其观点。

二. 法律适用

1. 谁主张谁举证：根据《民事诉讼法》第六十七条，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。这意味着，无论是原告还是被告，都需要为自己的主张提供充分的证据。
2. 证明责任的分配：在借贷纠纷中，原告需证明借贷关系存在且被告未还款；被告则需证明其已履行还款义务。若双方证据均不足，法院将依据举证责任判决。

三. 判决结果

1. 若原告证据充分：若原告提供的借条及其他证据能够充分证明借贷关系存在且被告未还款，法院将判决被告承担还款责任。
2. 若被告证据充分：若被告能够提供有效证据证明其已还款，法院将驳回原告的诉讼请求。
3. 证据均不足：若双方证据均不足以支持各自的主张，法院可能依据举证责任或公平原则作出判决。

我建议，在这种情况下，双方应尽可能收集并提供相关证据，以支持自己的主张。同时，也可以考虑通过调解或和解的方式解决纠纷，以避免不必要的诉讼成本和风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。