当您已经还清借款，但借条仍在法院时，您应该采取以下步骤来确保借条得到妥善处理：

1. 及时提交还款凭证：

   • 首先，您需要收集并整理所有能证明债务已经履行完毕的证据，如银行转账记录、收据、还款确认书等。
   • 这些证据应能清晰、明确地展示您已经按照约定还清了全部借款。

2. 向法院提交证据并告知借款已清偿：

   • 带着您收集到的还款凭证，前往法院相关部门或联系您的案件承办人。
   • 提交这些证据，并正式告知法院借款已经清偿的事实。

3. 等待法院审查核实：

   • 法院会对您提交的证据进行仔细审查，以确认借款是否确实已经还清。
   • 这个过程可能需要一定的时间，请耐心等待。

4. 法院对借条的处理：

   • 如果法院确认借款已经还清，他们可能会在庭审记录中注明这一情况。
   • 法院可能会要求双方在庭审笔录或其他相关材料上签字确认借款已清偿。
   • 对于借条原件，法院可能会根据具体情况决定是否返还给您，或者在卷宗中注明借条已因债务履行完毕而失去效力。

5. 保持与法院的沟通：

   • 在整个过程中，保持与法院的密切沟通是非常重要的。
   • 如果有任何疑问或需要进一步的协助，不要犹豫，及时与法院联系。

6. 确保后续无麻烦：

   • 通过合法有效的方式确保借条在法院得到妥善处理，可以避免后续可能产生的任何不必要的麻烦或纠纷。

总之，当您还清借款后，确保借条在法院得到妥善处理是非常重要的。遵循上述步骤，您可以有效地解决这个问题，并确保自己的权益得到保护。