结论前置：

1. 即使合同约定商铺过户税费由卖方承担，买方仍需依法缴纳自己应承担的契税。合同约定不能改变税法规定的纳税义务主体。
2. 若合同明确约定“卖方承担买方契税”，则卖方需通过代缴或补偿方式履行约定，但买方仍需配合完成纳税申报手续。

具体分析：

一、契税的法定义务主体是买方，合同约定不能改变税法规定

根据《中华人民共和国契税法》第一条、第二条：

• 契税的纳税义务人是承受土地、房屋权属的单位和个人（即买方）。
• 商铺过户时，买方需按成交价格或评估价格的3%-5%（具体税率由地方规定）缴纳契税。

法律逻辑：

• 税法规定的纳税义务具有强制性，合同双方不能通过约定改变法定纳税主体。
• 即使合同写明“卖方承担过户税费”，买方仍需以自己名义申报契税，再由卖方通过以下方式履行约定：
  • 代缴：卖方直接以买方名义缴纳契税；
  • 补偿：卖方将契税金额折现给买方，由买方自行缴纳。

二、合同约定“卖方承担税费”的效力与风险

1. 合同条款有效，但需明确履行方式：

   • 若合同明确约定“卖方承担买方契税”，则卖方需按约定履行，否则构成违约。
   • 但买方仍需配合完成纳税申报（如提供身份证、购房合同等材料），否则可能影响过户进度。

2. 潜在风险：

   • 税务合规风险：若卖方未实际缴纳契税，导致税款滞纳或罚款，买方可能因未履行纳税义务被追责。
   • 合同纠纷风险：若卖方拒绝履行约定，买方需通过诉讼主张权利，增加维权成本。

三、实务建议

1. 买方应主动缴纳契税：

   • 无论合同如何约定，买方均应自行完成契税申报，避免因卖方违约导致自身信用受损。
   • 若卖方同意承担契税，可要求其在过户前将税款汇入买方账户，由买方直接缴纳。

2. 合同条款需细化：

   • 明确约定“卖方承担的税费范围”及“履行方式”（如代缴时间、补偿标准）。
   • 增加违约条款，例如：“若卖方未按时缴纳契税，需按日支付违约金”。

3. 留存证据：

   • 保存合同原件、付款凭证、沟通记录等，以备纠纷时举证。

总结：合同约定不能免除买方的法定纳税义务，但可通过约定由卖方实际承担费用。建议买方在过户前主动完成契税申报，并要求卖方配合履行约定，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。