针对离职员工索要三年前工资差额，但工资表已丢失的情况，以下是从不同角度给出的分析和建议：
法律义务与举证责任：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动者主张工资差额时，通常需要提供初步证据证明其主张。然而，工资表作为用人单位掌握的证据，若因用人单位原因丢失，用人单位可能面临举证不能的不利后果。
- 在此情况下，若员工能提供其他证据（如银行转账记录、同事证言、工作记录等）来佐证其工资差额的主张，用人单位将难以仅凭工资表丢失来完全免除责任。
应对策略：
- 核查其他证据：首先，用人单位应全面核查是否有其他证据可以证明员工的工资情况，如电子考勤记录、绩效评估报告、奖金发放记录等，这些证据可能间接反映员工的工资构成。
- 与员工协商：在证据不足的情况下，用人单位可以尝试与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，如给予一定的补偿以了结此事。
- 准备法律应对：若协商无果，用人单位应做好法律应对准备，包括收集可能的证据、咨询专业律师意见，并准备参与可能的劳动仲裁或诉讼程序。
法律后果与风险提示：
- 若用人单位无法提供有效证据反驳员工的主张，且员工的主张得到一定证据支持，用人单位可能面临支付工资差额及可能的经济补偿金、赔偿金等法律后果。
- 此外，用人单位还可能因未按时足额支付劳动报酬而面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令限期支付等。
预防措施与建议：
- 完善工资管理制度：用人单位应建立健全的工资管理制度，确保工资表的准确性和完整性，并定期进行备份和存档。
- 加强证据意识：在日常管理中，用人单位应增强证据意识，妥善保管与员工工资、福利等相关的所有证据，以备不时之需。
- 及时沟通与处理：对于员工的工资疑问或主张，用人单位应及时进行沟通和处理，避免问题积累和恶化。
针对您当前的具体情况，我建议您：
- 立即核查公司内部是否有其他可以证明员工工资情况的证据。
- 与员工进行友好协商，寻求和解的可能性。
- 若协商无果，及时咨询专业律师，制定法律应对策略。
如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。