留学机构合同中规定不能自行申请是否合法，需分情况讨论：

1. 合同条款的合法性基础
   根据《民法典》第四百六十五条，合同条款需符合法律、行政法规的强制性规定，且不得违背公序良俗。若合同中“禁止自行申请”的条款未违反法律禁止性规定（如未限制消费者选择权、未构成不公平格式条款），则可能被认定为有效。但需注意，若该条款实质上剥夺了消费者自主选择服务的权利，可能因违反《消费者权益保护法》第九条（消费者自主选择权）或第二十六条（禁止经营者以格式条款排除消费者权利）而被认定无效。

2. 合同目的与条款合理性的关联
   若留学机构通过合同条款限制自行申请，目的是为了保障服务质量（如统一申请流程、避免材料冲突），且提供了对等服务（如专业申请指导、签证协助等），则条款可能具有合理性。但若机构未提供实质性服务，或条款明显偏向机构利益（如高额违约金、单方解除权），则可能因显失公平被撤销。

3. 具体场景下的法律后果

   • 若条款合法有效：学生违反条款自行申请，可能构成违约，需承担合同约定的违约责任（如支付违约金）。但违约金金额需符合《民法典》第五百八十五条规定的“实际损失相当”原则，过高部分可请求法院调整。
     
   • 若条款违法无效：学生有权自行申请，且无需承担违约责任。此时可向市场监管部门投诉机构格式条款违法，或通过诉讼确认条款无效。

建议与风险提示：

• 签订合同前，仔细阅读条款，重点关注“服务内容”“违约责任”“禁止性规定”等章节，要求机构解释模糊条款。
  
• 若条款存在“禁止自行申请”内容，可要求修改或补充说明（如明确该条款不剥夺法定权利）。
  
• 发生纠纷后，优先通过协商解决；协商不成，可收集合同、付款凭证、沟通记录等证据，向法院起诉或申请仲裁。

示例：
学生A与留学机构签订合同，约定“学生不得自行申请其他机构服务，否则支付合同金额30%的违约金”。后A发现机构服务不佳，自行申请并成功。若法院认定该条款限制A的自主选择权且违约金过高，可能判决条款无效，A无需支付违约金。

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合条款内容提供针对性分析。