您好，关于您提出的“合同约定农村户口不缴纳公积金是否合法”的问题，我可以为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，住房公积金制度是为了提高城镇居民的居住水平而设立的，其适用的对象在最初主要是城镇居民。然而，随着社会的发展和政策的完善，住房公积金的缴存范围已经有所扩大。

根据国务院发布的《住房公积金管理条例》以及相关政策文件，单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。这一规定并未明确区分职工的户籍性质，即无论是城镇户口还是农村户口，只要与单位建立了劳动关系，成为在职职工，单位就有义务为其缴纳住房公积金。

进一步地，从各地法院的审判案例来看，也普遍认为无论是城镇居民还是进城务工人员（包括农村户口人员），只要具有劳动关系，属于在职职工，单位就负有为其缴存住房公积金的法定义务。不能以职工的户籍性质作为认定是否缴纳住房公积金的依据。

因此，合同中约定农村户口不缴纳公积金是违法的。这样的约定违反了《住房公积金管理条例》的规定，也损害了农村户口职工的合法权益。如果单位不按照规定为职工缴纳住房公积金，一旦被投诉，将面临补缴和被处罚的风险。

综上所述，无论职工是城镇户口还是农村户口，只要与单位建立了劳动关系，成为在职职工，单位就有义务为其缴纳住房公积金。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。